Патриарх Никон, с его низким происхождением и с определенными проблемами в культуре, воспитании и образовании, в Москве проявил как свои лучшие, так и худшие качества. Деятельность патриарха Никона имела и позитивные, и негативные стороны. А острый конфликт Никона с царем, отстаивавшим приоритет царской власти, в конце концов привел к свержению патриарха Никона, лишению его патриаршего сана и 15-летнему заточению в северный Ферапонтов монастырь. Но в 50-е годы ХVII в. он пребывал на вершине своего могущества и пользовался огромным расположением царя Алексея Михайловича Романова.
В зените своей славы патриарх Никон решил под Москвой построить «русский Иерусалим» и возвести в нем собор, подобный иерусалимскому, – т. е. создать прототип главной святыни христианства. Патриарх Никон хотел создать своего рода особую копию Иерусалима, которая должна была – по его мысли – заменить россиянам «святой город», который в то время находился в иноверных руках. Патриарх Никон задумал создать мощный центр религиозного тяготения и церковного влияния именно в России, рядом с Москвой и под его церковным руководством. Возводя невиданный по замыслу на Руси монастырь, патриарх Никон пытался создать новый влиятельный центр православия, поднимающий внутренний и международный авторитет Русской православной церкви и, следовательно, русского государства. Патриарх Никон создавал свой новый монастырь как его главную подмосковную резиденцию, как главную обитель Русской православной церкви, во имя утверждения и пропаганды идеи «Москва – Третий Рим».