В 1652 г. царь Алексей Михайлович Романов издал указ, по которому Борисоглебский монастырь стал подмосковной резиденцией его друга, советчика, доверенного лица митрополита Новгородского Никона (он в том же 1652 г. стал патриархом и был им до 1666 г.), но вскоре охладел к этой обители. В 1656 г. патриарх Никон основал на берегу р. Истры Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, который стал его любимой загородной резиденцией. Борисоглебский монастырь с 1652 г. подчинялся Новгородскому митрополичьему дому, с 1664 г. он недолго был самостоятельным, в 1682 г. его приписали к Заиконоспасскому монастырю в Москве, но в 1725 г. он снова стал независимым самостоятельным монастырем.
Личность царя Алексея Михайловича Романова (1629–1676, царь с 1645 г.) как минимум дважды влияла на судьбу и развитие монастыря: непосредственно в 1652 г. (когда по его желанию обитель стала резиденцией Никона) и косвенно в 1656 г. Жена стольника Алексея Чаплина – П.С. Чаплина – пристроила к Борисоглебскому собору придел во имя Алексия, человека Божия – святого ее мужа, но она и ее муж смотрели дальше – этим строительством их семья в первую очередь отдавала дань уважения царю Алексею Михайловичу и их (общему с А.И. Чаплиным) святому.
Давняя история этого монастыря, участие в его жизни ярких личностей неизменно привлекали к нему богатых вкладчиков и влиятельных покровителей, что обеспечивало его благополучие. В монастыре велись значительные ремонтные и благоустроительные работы, были возведены (1689 г.) каменные стены и башни. С 1777 г. при монастыре действовало духовное училище. На рубеже ХIХ – ХХ вв. в монастыре провели большие ремонтные и реставрационные работы на средства Е.С. Ляминой – вдовы крупного фабриканта И.А. Лямина, основателя товарищества Покровской мануфактуры.
Борисоглебский монастырь сохранял стабильную и безупречную репутацию, поддерживал и хранил православные традиции, обеспечивал ведение летописей. До конца ХIХ в. в монастыре вели рукописную летопись.
После осенних событий 1917 г. монастырская братия объединилась в артель, но она долго не работала. В первой половине 1920-х гг. обитель еще существовала, но это был уже женский монастырь, а не мужской, как прежде.
В 1926 г. Борисоглебский монастырь закрыли и разместили на его территории Музей Дмитровского края. Его сотрудники во главе с директором К.А. Соловьевым были грамотными и патриотично настроенными людьми; они делали все от них зависящее для сохранения комплекса монастыря как памятника истории, культуры, архитектуры. Судьба большинства музейных работников оказалась трагичной; они были репрессированы и почти все погибли.
С 1932 г. в зданиях закрытого монастыря разместилось Управление канала Москва – Волга и Дмитлага (Канал до 1947 г. назывался Москва – Волга, а затем – Канал им. Москвы). Дмитлаг был одним из подразделений (управлений) ГУЛАГа – Государственного управления лагерей. Здесь, в Дмитровском районе, располагался именно специализированный лагерь заключенных, которые в основном и работали на строительстве этого канала наряду с вольнонаемными людьми и военнослужащими. Этот лагерь и назывался Дмитлаг; его управляющее структурное подразделение находилось в монастыре. Большинство работавших на строительстве канала умерли от истощения, нечеловеческих условий труда, неимоверного объема работ или были расстреляны. Здесь работали порядка 200 тыс. репрессированных. В память о них на трассе канала установлен поминальный крест.
В период Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в монастырском комплексе размещалась воинская часть. В послевоенный период в монастырских зданиях располагались воинские части, склады, различные организации – в основном конторы городских учреждений; часть построек были отданы под жилье рядовых горожан.
В 1993 г. Борисоглебский монастырь возродился как религиозный центр. Теперь он имеет и свое подворье – Преображенский храм в Балашихинском районе Московской области в с. Саввино.
В монастыре сохранились ценные архитектурные памятники.
Собор во имя святых благоверных князей – страстотерпцев Бориса и Глеба (Борисоглебский собор) (1537 г., придел 1656 г.) – это кирпичный, четырехстолпный, одноглавый, крестово-купольный храм. Его неоднократно достраивали и перестраивали (1620, 1656, 1778, 1824, 1887 гг.; Алексеевский придел – 1656, возобновлен в 1758 и 1850 гг.). Этот каменный на белокаменном подвале собор является ярким образцом московской архитектурной школы начала ХVI в. Настенная живопись в храме была выполнена в 1824 г., затем ее обновляли в 1887 и 1901 г., но позже забелили.