В наши дни главными святынями Иосифо-Волоцкого монастыря являются икона преподобного Иосифа Волоцкого и его святые мощи, которые покоятся в подклете Успенского собора. Большим почитанием пользуются святой источник преподобного Иосифа Волоцкого в центре монастыря, а также святая кладезь неподалеку от монастыря в скиту Всех Святых.
Иосифо-Волоцкий монастырь является ценным архитектурно-художественным комплексом.
Соборный храм во имя Успения Пресвятой Богородицы (1688–1692 гг.) является композиционным центром монастырского комплекса. Этот собор был построен на месте обветшавшего и разграбленного Успенского собора 1480 г., в котором были росписи Дионисия. Этот кирпичный собор построили на вклад дьяка Захария Богдана Силина и на царские пожертвования. Собор строили четыре года (1688–1692 гг.), а его внутреннюю отделку в основном завершили только к 1696 г. Собор и сейчас производит сильное впечатление. Этот величественный собор с фасадами в стиле московского барокко стоит на высоком белокаменном подклете (престол преподобного Иосифа Волоцкого), который использовался для погребения, как особо почетное место. Собор строили московские мастера под наблюдением подмастерья каменных дел Кондратия Мымрина.
Собор представляет собой четырехстолпный пятиглавый крестово-купольный храм с тремя апсидами и трехчастным делением фасадов. С трех сторон его окружают сводчатые галереи в два яруса, из которых верхний устроен в 1757 г. Украшает собор фриз из полихромных изразцов, изготовленных в мастерской известного мастера Степана Полубеса. В соборе сохранились красивые решетки и прорезные золоченые кресты, купленные для него в Москве. Верхний этаж собора – храм Успения Пресвятой Богородицы. В храме сохранился современный ему великолепный пятиярусный золоченый резной ажурный иконостас в стиле барокко, с колоннами – прорезными витыми гроздьями винограда работы Евсевия Леонтьева. В его верхнем ярусе сохранились иконы 1690-х гг., выполненные Фомой и Василием Потаповыми; другие иконы их письма были переданы в советский период в музеи. Находившиеся, в местном ряду иконостаса иконы «Троица ветхозаветная» (ХV в., мастер Паисий) и «Богоматерь Владимирская» (середина ХVI в.) находятся в Москве, в Музее древнерусского искусства им. А. Рублева в Свято-Андроникове монастыре. Имеющиеся в храме другие иконы, находящиеся, главным образом в иконостасе, относятся в основном к концу 1740-х гг. Первоначальная фресковая роспись храма заменена на клеевую роспись, выполненную в 1904 г. палехской артелью Н.М. Сафонова по эскизам И.С. Кузнецова в стиле ХVII в.
В нижнем этаже собора находится храм во имя преподобного Иосифа Волоцкого с двумя приделами – Святой Живоначальной Троицы (правый) и в честь Рождества Пресвятой Богородицы (левый). Здесь покоятся мощи преподобного Иосифа Волоцкого. Его святые мощи были открыты в 1777 г., тогда же здесь была устроена церковь во имя преподобного. Мощи преподобного Иосифа Волоцкого прежде находились в раке, отделанной серебром и позолотой. Здесь же, в этом храме, находились гробницы митрополита Даниила и архиепископа Новгородского Феодосия, епископов Иеремии и Лаврентия Казанских, Саввы и Нифонта Крутицких – также пострижников монастыря. Рядом были захоронения Волоколамских князей Федора и Ивана (крестный сын преподобного Иосифа).
Первую кирпичную колокольню собора построили в 1490—1570-х гг., в основном на вклады Семена Дичка Климентьева и его супруги. Затем колокольня надстраивалась и перестраивалась. В 1692–1694 гг. колокольня была достроена. Она имела 10 ярусов (76 м), была выдающимся инженерным сооружением своего времени. Отношение высоты к основанию колокольни было 10: 1 (с крестом и главой) и не имело себе равных в русской архитектуре. В 1941 г. немцы взорвали эту изумительную колокольню, и она до сих пор не восстановлена; сохранился только нижний ярус колокольни 1490 г. А ведь именно эта колокольня предвосхитила создание знаменитой колокольни Ивана Великого в Московском Кремле.
Трапезная палата с храмом во имя Богоявления представляет собой сложный комплекс, части которого возводились в разное время. Одноглавый храм Богоявления возвели в 1504–1506 гг. на средства князей С.И. Бельского и Б.В. Кутузова. Его трапезную перестроили с частичным использованием прежнего здания в 1530 г. на средства архиепископа Феодосия. В ХVII в. храм был подвергнут реконструкции. Русский мастер Трофим Игнатьев в 1682 г. проводил здесь строительно-реконструкционные работы. Затем в ХVIII – ХIХ вв. здесь снова велись строительные работы. Сохранившиеся кирпичные прямоугольные здания на подклете в основном заняты обширным трапезным залом, позволяющим представить характер архитектуры периодов его создания.