В 1918 г. Крестовоздвиженский Иерусалимский монастырь закрыли (по другим данным – в 1921 г.). Уже в 1919 г. монастырь был фактически разрушен, из него вывезли библиотеку, все иконы, церковную утварь, многие иконы представители новой власти сожгли. Со всех куполов храмов сняли и сбросили кресты, монахинь отправили в ссылку. С начала 1920-х гг. в зданиях бывшего монастыря размещались разные хозяйственные объекты, основными из них были табачная фабрика и общежитие. В годы Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в бывшем монастырском комплексе находились госпиталь и общежитие. В послевоенный период хозяином строений был санаторий «Горки Ленинские». В 1970 г. здесь открылся Детский реабилитационный центр для детей-инвалидов. В начале 1980-х гг. здесь размещались только Детский реабилитационный центр и лечебный диспансер.
В начале 1990-х гг. начался новый этап в жизни монастыря. В 1992 г. Крестовоздвиженский монастырь возродился, теперь это женский ставропигиальный монастырь. В 2000 г. в нем жили 30 монахинь и насельниц, теперь их число увеличилось.
В Крестовоздвиженском Иерусалимском монастыре и в наши дни пребывает спасенная верующими чудотворная икона «Иерусалимская». Ее многие годы хранили у себя дома верующие люди, а затем вернули в возрожденный монастырь. Этой иконе молятся и просят о помощи и поддержке в разных делах, в том числе при болезнях глаз и о спасении от слепоты.
В Крестовоздвиженском Иерусалимском монастыре также пребывает чтимая икона святителя Филиппа, митрополита Московского с частицей его святых мощей. Митрополит Московский и всея Руси Филипп был задушен в 1569 г. опричником Малютой Скуратовым по приказу царя Ивана Грозного.
На разных этапах жизни женской общины и монастыря сестры помнили и помнят, что стоит их обитель в особом месте. Именно из этих мест происходил святитель Филипп Митрополит Московский (боярин Ф.С. Колычев, 1507–1569, митрополит с 1566 г., канонизирован в 1652 г.). В его честь назван южный придел храма Вознесения Господня в этом монастыре.