В ХVIII в. продолжилась достройка монастырского комплекса, для чего потребовалось разобрать часть строений. Императрица Екатерина II (царствовала в 1762–1796 гг.) благотворила Екатерининской пустыни, посвященной ее небесной покровительнице. При императрице Екатерине II и главным образом благодаря заботам митрополита Московского Платона (Левшин П.Г., 1737–1812), а также настоятеля монастыря иеромонаха Мелхиседека этот монастырь пережил период истинного возрождения. В конце ХVIII в. началась перестройка соборной церкви, давшая толчок для коренного преобразования всего монастырского комплекса. В нем хорошо помнили, что долгое время монастырь был беден и жил за счет жалования (руги), а с 1764 г. числился заштатным.
В ХIХ в. монастырь также продолжал благоустраиваться. Тогда были построены каменная часовня, сторожка с двумя кельями, хозяйственные службы, пекарня, квасоварня, ледник, амбары, просфорная, келарная, кузница, баня, скотный двор, склады, странноприимный дом.
Свято-Екатерининский монастырь за всю свою долгую историю в царский период не выделился какими-либо яркими событиями и чудесами. Но богомольцы приезжали в него, чтобы помолиться перед почитаемой чудотворной иконой великомученицы Екатерины в храме, построенном и названном в ее честь, просили о помощи детям в постижении духовной мудрости и светской учебе, о содействии в успешном устройстве семейных дел, в том числе удачном супружестве выросших детей. Каждый год 29 июня и 15 августа вокруг монастыря совершались крестные ходы.
Тем не менее к началу ХХ в. Екатерининская пустынь была заштатным монастырем, в котором работали три храма и жили 60 человек братии. Управлявший монастырем игумен Мартирий погиб в 1908 г. от руки эсера при ограблении обители в пользу «партийной кассы». Так с начала ХХ в. партийные и иные идеологические светские интересы стали осложнять и омрачать жизнь монастырской общины.
Когда началась Первая мировая война, в 1914 г. монахов Екатерининской пустыни расселили по другим монастырям. Тогда в Екатерининской пустыни поселились 164 монахини, эвакуированные из Красностокского женского монастыря из-под г. Гродно на Украине. Монахини с трудом, но все-таки наладили к тому времени запущенное монастырское хозяйство. Они снабжали соседей овощами, медом, молоком, плели кружева, лечили больных. Тихая жизнь этой женской монастырской общины продолжалась и после октябрьского переворота 1917 г. Но в 1918 г. монастырь официально закрыли, а общину монахинь зарегистрировали как сельскохозяйственную артель «Екатерининская пустынь», в которой монахини старались поддерживать правила монастырской общины. Так продолжалось до 1931 г., когда всесильное ведомство НКВД решило сделать монастырский комплекс своей собственностью и использовать в своих целях. В 1931 г. 160 монахиням приказали освободить здание монастыря. Некоторых монахинь приютили жители поселка Видное и других близлежащих поселений, а около 100 монахинь вернулись в г. Гродно и его пригороды.
С 1931 г. в монастыре разместилась детская колония ОГПУ. При этом в закрытом монастыре, на территории уже детской колонии до 1934 г. действовал надвратный храм Дмитрия Ростовского, при котором остались священник и монахиня Вера, однако уголовники ее убили, а священнику удалось чудом спастись.
С 1937 г. бывший монастырский комплекс был перестроен и оборудован для выполнения тюремных функций. С 1938 г. здесь функционировал спецобъект НКВД № 10 – следственная тюрьма. До 1953 г. здесь находилась самая страшная и зловещая особая внутренняя политическая тюрьма НКВД, названная в народе «Сухановка» (название ей было дано по находящейся поблизости бывшей усадьбе «Суханово», принадлежавшей в царский период князьям Волконским).
Эта пыточная ежовско-бериевская тюрьма считалась самым страшным из всех узилищ ГУЛАГа. В 1939 г. в этой тюрьме сидел сам Н.И. Ежов, нарком внутренних дел СССР, один из главных исполнителей массовых репрессий. Н.И. Ежова сменил нарком, а затем министр внутренних дел СССР Л.П. Берия, который здесь не только проводил допросы, но и занимался сексуальным насилием. Жертвами его циничных развратных развлечений были девушки и даже девочки из семей «врагов народа». Тысячи безвинно репрессированных провели здесь самые страшные дни в своей жизни. Есть свидетельства о том, что в те годы в монастырской роще производились расстрелы и тайные захоронения, казни совершались и в Екатерининском соборе, где даже был устроен крематорий.
В 1953–1991 гг. на территории бывшего монастыря находилось учебное заведение МВД. Фактически до 1991 г. весь комплекс бывшего монастыря принадлежал МВД.