В составе артиллерии береговой обороны находилось 3 дивизиона и 4 батареи сухопутных войск, 2 дивизиона зенитной артиллерии кригсмарине, 7 батарей кригсмарине. В Лиепае действовали 2-я и 3-я (по 6 150-мм орудий) береговые батареи 531-го дивизиона береговой артиллерии, береговые батареи кригсмарине «Von Diest» (3 130-мм орудия) и «Biegler» (4 100-мм орудия), а также 1-я (4 75-мм орудия), 3-я (4 75-мм орудия) и 4-я (подвижная, 9 20-мм и 6 150-мм орудий) зенитные батареи 707-го дивизиона кригсмарине. В Вентспилсе располагались 1-я батарея (6 150-мм орудий) 531-го адн и 2-я батарея (подвижная, 9 20-мм и 6 150-мм орудий) 707-го здн. В районе Лужня, Мазирбе и Роя размещались соответственно 3-я, 2-я и 1-я батареи (по 6 150-мм орудий) 914-го дивизиона береговой артиллерии. Их прикрывали 2-я, 3-я (по 4 8,8-мм орудия) и 4-я (подвижная, 6 20-мм и 6 150-мм орудий) зенитные батареи 239-го дивизиона. В Риге находилась 1-я батарея 232-го зендн. Она прикрывала порт и береговые батареи кригсмарине — «Blucher» и «Bismark» (по 3 150-мм орудия). Располагавшийся к началу сентября на южном берегу Рижского залива 914-й дивизион береговой артиллерии (1-я, 2-я и 3-я батареи (по 4 105-мм орудия), соответственно в Мерсрагс, Энгуре и Саулкрасти) передислоцировался на западный берег Эстонии. Его 2-я и 3-я батареи находились в районе Рохукюла — Вормси. В Салацгриве располагалась 513-я батарея (3 150-мм орудия), в Пярну батарея кригсмарине «Karlsruhe» (3 100-мм орудия). С 5 сентября были развернуты в Виртсу 512-я батарея (3 150-мм орудия), в Рохукюла — 509-я батарея (3 150-мм орудия). В Виртсу была развернута береговая батарея кригсмарине «Kenigsberg» (2 105-мм орудия). На Вормси из Пярну была передислоцирована батарея «Nettelbeck» (3 105-мм орудия). Командование береговыми батареями, непосредственно участвующими в десантной операции, и организацию взаимодействия со 114-м артиллерийским командованием осуществлял командир морского артиллерийского командования «West-Estland» корветтен-капитан Шенке. Офицеры связи ВМС: при командире ХХХХII АК — корветтен-капитан фон дер Деккен, при командире 61-й пд — капитан-лейтенант Вернер[210]
.Перед началом операции командование кригсмарине спланировало и провело несколько операций, предназначенных для дезорганизации советского командования. Целью этих операций было отвлечь командование БОБР от основного места высадки и заставить рассредоточить свои силы по всему периметру островов.
На первом этапе на основании указаний группы армий «Nord» в захваченных портах балтийского побережья проводились демонстрационные учения по погрузке войск на судна. Учения должны были создать у советской разведки впечатление о планируемой погрузке войск на судна для проведения десантной операции. Начинались они 10 сентября и проводились в Лиепае, Ройя и Риге. В Лиепае в демонстрационной посадке принимали участие подразделения кригсмарине и части 1-го воздушного округа люфтваффе (Lg.Kdos.I). В Ройя и в Риге в этой операции принимал участие личный состав 204-й запасной бригады (Kdo.d.Ers.Brig.204), переведенной летом из генерал-губернаторства для выполнения оккупационных задач. В Риге в отвлекающей операции были задействованы также наземные части 1-го воздушного округа люфтваффе. Непосредственно перед началом штурма островов были проведены отвлекающие операции кригсмарине, которые будут описаны далее.
Одной из трудностей при преодолении пролива являлось то, что он был, помимо советских мин, заминирован еще и немецкими магнитными минами. Разминировать его до начала операции не позволяла советская береговая артиллерия. Поэтому участвующие в морском десанте быстроходные десантные баржи и паромы «Siebel» были оборудованы размагничивающими устройствами. Для обеспечения действий других судов с полудня 12 сентября началось траление Моонзунда самолетами «Mausi» (Ju-52MS). В ночь накануне штурма силами пинасов FdM была проведена проверка района высадки на наличие якорных мин до самого восточного берега Муху. В ночь на 13 сентября начались миннотральные работы восточной прибрежной части пролива Мухувейн, и ранним утром этого же дня была произведена передача транспортных средств десанта войскам. Для траления минных заграждений, как советских, так и немецких, в Пярну была собрана 2-я флотилия малых тральщиков, а для траления магнитных мин — прорыватель заграждений № 169. Там же (в Пярну) находилась плавающая база тральщиков MRS-11. В районе южного выхода из Моонзунда для предотвращения атаки левого фланга десанта в день высадки и обстрела советской 43-й батареи на Юобассаре располагались четыре плавучие батареи: «August», «Ost», «West» и «Helene». С ними действовал постановщик дымовой завесы ТХ-4. Накануне штурма на Вормси были установлены два 150-мм орудия 3-й батареи 914-го дивизиона береговой артиллерии.