Через несколько часов подводная лодка пыталась атаковать конвой, состоящий из двух транспортов и танкера, под охраной двух сторожевиков и двух охотников. Выходя на боевой курс, «Д–3», следуя под перископом, села на мель, хотя согласно карте глубина в этом месте составляли 26 м. «Д–3» всплыла в позиционное положение, развернулась и снова погрузилась. К счастью, подобный маневр остался незамеченным для противника, но момент для атаки был упущен.
Днем 11 октября в районе Конгс–фьорда «Д–3» обнаружила транспорт, шедший под охраной двух миноносцев. Подводная лодка выпустила три торпеды буквально вдогонку по судну, оцененному командиром в 5–6 тысяч тонн. Через полторы–две минуты на лодке услышали два взрыва и посчитали цель пораженной.
13 октября в Тана–фьорде «Красногвардеец» попал в сеть, освободиться от которой смог только через час 14 октября на «Д–3» вышел из строя шумопеленгатор — внутрь вибраторов попала вода. В этот же день из-за внезапного ухудшения видимости подводная лодка не смогла атаковать конвой, состоящий из двух транспортов под охраной эсминца и двух тральщиков. В ночь на 16 октября «Д–3» была отозвана на базу и на следующий день прибыла в Полярный.
Ф.В. Константинов был снят с должности, а на его место назначен капитан–лейтенант (затем капитан 3–го ранга) М.А. Бибеев.
11 ноября «Д–3» завершила ремонтные работы и днем 22 ноября вышла в район мыса Нордкап. В этом боевом походе на борту лодки находились командир дивизиона И.А. Колышкин. Вскоре после выхода в море подводники смогли оценить качество проведенного ремонта. Уже вечером 22 ноября вышли из строя носовые горизонтальные рули, затем оборвался проволочный подвес гирокомпаса Если рули были введены в строй уже 24 ноября, то ремонт гирокомпаса в походных условиях был невозможен. Командир рискнул продолжить плавание по магнитному компасу. Утром 24 ноября «Д–3» заняла указанный район, имея невязку в 60 миль к западу. Наконец подводная лодка прибыла к устью Порсангер–фьорда, где могла уточнить свое место по береговым ориентирам «Красногвардеец» со второй попытки проник во фьорд. 28 ноября в бухте Хоннинсвог подводная лодка обнаружила конвой и тремя торпедами атаковала судно водоизмещением 6000 т из его состава. Спустя минуту на подводной лодке зафиксировали взрыв и посчитали цель пораженной. Сама «Д–3» не могла в перископ наблюдать за результатом своей атаки, так как в момент выстрела в уравнительную цистерну было принято слишком много воды, и подводная лодка провалилась до глубины 66 метров.
Днем 5 декабря северо–восточнее мыса Сверхольт–клуббен были обнаружены два транспорта и миноносец. В момент выхода лодки в атаку на транспорт миноносец пошел прямо на нее и вынудил уйти на глубину. При повторной атаке с дистанции 8–10 каб «Д–3» произвела залп четырьмя торпедами. Спустя минуту после пуска торпед прогремели два взрыва, был потоплен транспорт водоизмещением 10 000 т.
Спустя сутки в этом же районе атаки «Д–3», двигаясь под перископом, обнаружила судно в сопровождении тральщика, вышла в атаку и выпустила три торпеды. Был услышан взрыв. Тральщик атаковал лодку и заставил ее погрузиться. Когда тральщик удалился, лодка всплыла под перископ. Наблюдая за результатом атаки, командир, по его словам, видел, как корабль эскорта снимает людей с гибнущего судна, которое ушло под воду, перевернувшись кормой вверх. Как выяснилось позднее, был потоплен танкер «Абрахам Линкольн» (9570 брт). 15 декабря 1941 г. «Д–3» вернулась на базу.
По итогам 1941 г. «Д–3» заняла первое место по количеству потопленных судов среди советских подводных лодок (7 транспортов в 36 000 тонн). Командир лодки был награжден орденом Красного Знамени, комдив И.А. Колышкин, неоднократно выходивший на «Красногвардейце» в море, был первым среди подводников СФ представлен к званию Героя Советского Союза. 21 декабря «Красногвардеец» перешел на мурманский завод Нарко–мата рыбной промышленности, где подводную лодку ждал текущий ремонт.
17 января 1942 г. Указом Президиума Верховного Совета Союза ССР подводная лодка «Д–3» награждена орденом Красною Знамени. К началу февраля ремонтные работы были завершены, и лодка вновь вступила в строй.
22 февраля 1942 г. «Красногвардеец» вышел в шестой боевой поход в район Тана–фьорда. Возможность атаковать представилась не сразу. 24 февраля подводная лодка дважды упустила цели. Утром из-за плохой видимости «Д–3» не сумела атаковать неустановленное судно. Днем из-за внезапного изменения курса цели не удалось выпустить торпеду по группе тральщиков или охотников. Днем 27 февраля «Красногвардеец» обнаружил конвой в составе двух транспортов и танкера под охраной трех сторожевиков и тральщика. Подводная лодка не успела выйти на боевой курс, и на глазах командира караван зашел в Мехамн.