Роман Захарьин, вероятно, умер в молодых годах, так как не успел достигнуть боярского звания. Эта женитьба царская — 3 февраля 1547 года — выдвигала семью Захарьиных вне местнических счетов, возвышала нетитулованный род в первые ряды боярства. Среди княжат она вызвала тревогу и недовольство. С другой стороны, Захарьины не примкнули к правительственному кругу «избранной рады», который образовался около царского духовника протоиерея Сильвестра и А. Ф. Адашева.
Влиятельные лица московского двора почуяли в них опасных соперников, за которыми может быть будущее. Эта вражда к Захарьиным вскрылась в той смуте, какую царский дворец пережил в 1553 году. Царь Иван так тяжко заболел, что ожидали его смерти. Больной распорядился составлением духовной и повелел привести бояр к крестному целованию на имя царевича Дмитрия, родившегося во время возвращения царя из казанского похода. Бояре ближние, в том числе Захарьины, присягнули беспрекословно, но когда царь созвал «бояр своих всех», раздались возражения: «Сын твой еще в пеленках, и владеть нами будут Захарьины, Данил с братьею».
Царь выздоровел, но князьям обиды не забыл.
Князья жаловались, что царь теснит великие роды, а приближает к себе «молодых» людей. «Да и тем, — говорил князь Ростовский, — нас истеснил, что женился — у боярина у своего дочерь взял, робу свою, и нам как служить своей сестре?»
«И от того времени, — говорит запись современника в летописи, — бысть вражда промеж государя и людей, а в боярах смута и мятеж, а царству почала быти во всем скудость».
Народная память в исторических песнях о Грозном царе выделила из всего боярства именно Никиту Захарьина как защитника страдавших от царской опалы и противника Малюты Скуратова. Однако он сохранил расположение Грозного и влияние на дела до конца дней и правления царя Ивана. Боярин Никита стоял в центре той группы правительственных дельцов, с которыми царь осуществлял свою программу уничтожения политического значения крупного землевладения и традиционных привилегий бояр-княжат, объединения всех служилых сил и платежных средств страны в распоряжении центральной власти, единой и самодержавной. И когда по смерти царя Ивана власть перешла к Федору, неспособному править государством, Н.Р. Юрьев-Захарьин и по родству и по положению оказался главою фактического регентства. Но уже к осени того же 1584 года болезнь его сломила, а в апреле следующего он умер. Правительственная среда, объединенная его бесспорным первенством, раскололась на враждебные кружки. Шуйские, связанные с Никитой Романовичем свойством, при нем, видимо, держались на втором плане; теперь они потянулись к своей братии, княжатам, ища опоры против возвышения Годунова. К Годунову, правой руке Никиты Захарьина и царскому шурину, перешло правительственное первенство. По преданию, ему Захарьин завещал «соблюдение» своих детей, пяти братьев Никитичей Романовых, связав их клятвенным союзом дружбы. Никитичи были еще молоды, ни один из них не носил боярского сана.
Этим устранялось их соперничество с Годуновым, и проявление розни между ними не видим за все царствование Федора. Но постепенно Никитичи Романовы вошли в силу.
Старший, Федор, отличался среди них даровитостью и энергией. Смолоду он приобщился к популярности отца. Молодого боярина — щеголя, приветливого и радушного, в Москве хорошо знали. Но не такой известности нужно было Федору. Большое честолюбие, политический темперамент и неукротимая энергия влекли его к видной государственной роли. С 1587 года Федор Никитич стал боярином, старшим в своей большой семье, к которой тянуло, по родству и свойству, немало других боярских фамилий. Родство с царским домом, богатство и широкие связи, семейная традиция влияния и власти — все сулило боярину быстрое возвышение. Немудрено, что по мере укрепления позиции правителя Годунова нарастало чувство недовольства и недоверия, колебавшее прежний «союз дружбы» и разразившееся по смерти царя Федора прямой борьбой за престол угасшей династии. По Москве ходили слухи, что царь Федор завещал престол двоюродному брату своему Романову, что Годунов связан клятвой, данной отцу Никитичей, быть их «царствию помогателем». На избирательном соборе 1598 года у Федора была своя партия, как и во дворце. Но соперник стал царем по «единодушному» избранию собора. Федор Никитич не смирился. Разрыв с Годуновым был полный. Рассказывали о резких сценах между ними, причем Романов будто даже с ножом на Бориса кидался. Его сторонники не сдерживались в приемах агитации; из их среды поднялись обвинения против Бориса в убиении царевича Дмитрия и царевны Феодосии, в отравлении самого царя Федора. В Романовском круге возникла мысль противопоставить Годунову Симеона Бекбулатовича, будто имевшего право на престол по своей роли «государя московского» в эпоху опричнины; тут же, в горячке избирательной борьбы, мелькнула впервые мысль о самозванце — Дмитрии, правда, еще в форме обвинения Бориса в такой затее, на случай неудачи. Но помешать избранию Годунова не удалось.