Царем стал Василий Шуйский. И он пытается примирить партию Романовых со своим воцарением, наметив Филарета на патриарший престол. Бояре в переговорах с польскими послами уже называли Филарета патриархом. Нареченный, но еще не поставленный, Филарет тотчас по воцарении Шуйского послан был в Углич для перенесения в Москву мощей царевича Дмитрия. В его отсутствие в Москве разыгрались какие-то уличные беспорядки, направленные против нового царя и возбужденные подметными листами, в которых говорилось о спасении Дмитрия. Польские послы записали слух, что эти листы приписывали Филарету, которого-де за это и низложили с патриаршества. Дело это темное, известия о нем сбивчивы, но несомненно, что в конце мая 1606 года лиц Романовского круга постигла опала, а Филарет вернулся из Углича, не выполнив поручения, на свою Ростовскую митрополию. Тут он и живет до октября 1608 года как «верный богомолец» царя Василия. В октябре 1608 года отряды Тушинского вора взяли Ростов, потому что тут «жили просто, совету и обереганья не было», и увезли Филарета в Тушино. Здесь пленника встретили с почетом, дорожа им для роли нареченного патриарха московского при Тушинском царьке. Известия о положении Филарета в Тушине противоречивы. По одним — он жил тут «не своею волею», его «блюли всегда крепкими сторожами»; по другим — он добровольно играл роль главы того духовенства, которое «вора» признало царем Дмитрием. Последнее лучше согласуется с дальнейшими событиями. Все, кто был враждебен Шуйскому, видели во втором самозванце орудие против него. И.Н. Романов, князья Катырев и Троекуров, женатые на Романовых, князь Трубецкой подверглись опале за то, что чуть было не увлекли войска на его сторону. А потом Троекуровы, Трубецкой, Черкасский и другие лица Романовского круга собираются в Тушине вокруг Филарета. Когда Тушино распалось, то в его «станах» осталась группа русских людей с Филаретом во главе, которая порешила к царю Василию не ехать, Шуйских и иных бояр на государство не хотеть и завела переговоры с королем Сигизмундом об избрании на московский престол королевича Владислава. Филарет в сношениях с королем продолжает титуловать себя патриархом.
Проект выработанных ими условий воцарения Владислава показывает, что составляли его сторонники того порядка, который создался при Грозном и Годунове, был выгоден служилой знати и служилым людям вообще и вызывал вражду родовитых князей, сторонников Шуйского. В то же время они устанавливали прочные гарантии независимости русской государственной жизни, православной церкви и национального быта. На попытку Сигизмунда склонить их под свою власть тушинские политики ответили, что все дело не может быть решено без совета всей земли, а Филарет, поехавший было к королю, был «отполонен» у поляков и вернулся в Москву. Здесь его приняли с честью, и он, сохраняя Ростовскую митрополию, остался жить в столице. О личном его участии в низложении царя Василия известий нет, но там действовали близкие ему люди. После падения Шуйского выдвинулись две кандидатуры на престол: князя В. В. Голицына и М. Ф. Романова, за которого стояли большинство горожан московских и сам патриарх Гермоген. Но опасное положение Москвы, теснимой, с одной стороны, шайками самозванца, снова подступившего к столице, а с другой — польским войском гетмана Жолкевского, заставило бояр впустить в Москву польские войска и присягнуть Владиславу на условиях несколько измененного тушинского договора. Жолкевский, однако, понимал, что русские претенденты на престол опасны для польской политики, и принял против них меры. Князя В. В. Голицына он убедил стать во главе посольства к королю, а так как Михаил Романов был слишком юн для роли посла, то гетман постарался, чтобы послом назначили его отца, митрополита Филарета. В сентябре «великое посольство» отправилось под Смоленск, в польский лагерь. Оно ехало за утверждением договора об избрании Владислава от того совета всей земли, какой устроили для присяги королевичу из имевшихся на Москве представителей «всех чинов Московского государства».