И царь Борис, на первых порах, ищет примирения с Романовыми. При венчании на царство он велел «сказать боярство» двум Никитичам, Александру и Михаилу, и их родне, князьям Черкасскому и Катыреву-Ростовскому. Но глухая вражда и взаимное недоверие остались в силе. Романовы и их друзья окружены шпионами и доносчиками. По доносу их человека, Бартенева Второго, разразилась над ними опала в 1601 году. Гласно обвинили их в волшебстве и будто за какое-то «коренье», найденное у Александра Никитича. Но суровость расправы показывает, что дело было политическое. Романовых схватили, допрашивали, даже к пытке водили, хотя и не пытали. Розыск тянулся добрых полгода и захватил ряд боярских семей, связанных с обвиняемыми родством и дружбой. Все пять Никитичей с семьями и кое-кто из их родни разосланы были в ссылку. На истинный смысл всего дела указывает дошедшее до нас упоминание одного из приставов, стерегших Романовых в ссылке, что они «злодеи, изменнически хотели царство достать ведовством и кореньем». Федора Никитича сослали в Антониев-Сийский монастырь и там насильно постригли, под именем Филарета. Но и этот испытанный способ устранять неудобных людей с политического поприща в данном случае не достиг цели. Монашеский клобук не укротил Федора-Филарета.
Из Москвы внимательно следили за ссыльными, приказывая приставам «дослеженье держать большое, чтобы им нужды ни в чем отнюдь никакой не было и жили бы и ходили бы свободны», но в то же время постоянно доносить об их поведении. Первое время инок Филарет сильно тосковал, но к 1605 году его настроение круто изменилось, и пристав доносил с недоумением: «Живет старец Филарет не по монастырскому чину, всегда смеется неведомо чему и говорит про мирское житье, про птицы ловчия и про собаки, как он в мире жил, а к старцам жесток, лает их и бить хочет, а говорит старцам Филарет-старец: увидят они, каков он вперед будет!»
Это было время, когда шла борьба царя Бориса с самозванцем. Годунов обвинял бояр, что появление самозванца «их рук дело» и, объявляя его Гришкой Отрепьевым, указывал, что тот «жил у Романовых во дворе»; и позднее царь Василий Шуйский пояснял польскому правительству, что самозванец был Отрепьев, который прежде «был в холопах у бояр, у Никитиных детей Романовича». Сопоставление этих заявлений с обстоятельствами ссылки Романовых дает основание предположить прямую связь между боярской интригой против Бориса и появлением самозванца.
Царь Борис, видимо, не ошибся. А он знал, кого обвиняет, потому что не колебался доверить борьбу с самозванцем боярам-княжатам Шуйским, Голицыным, Мстиславскому, соперникам Романовского круга. Но если враги Годунова думали найти в самозванце только орудие свержения, то на первых порах жестоко ошиблись. Неожиданная кончина царя Бориса и смута в войсках привели к воцарению Лжедмитрия I. Разбитая опалами Годунова, придворная знать лишь постепенно стала оправляться при новом царе. Филарет возвращен из ссылки, но не занял видного положения в Москве, а был назначен на митрополию в Ростов; брат его Иван, единственный из братьев, переживший ссылку, стал боярином. При дворе царя Дмитрия влияние досталось новым людям, и это сблизило против него прежних недругов.
Родовитое боярство поспешило свергнуть самозванца; Романовы и их друзья поддерживали заговор, но не руководили им. Союз двух кругов московского боярства не мог быть прочным: инициаторы заговора прочили на престол одного из своих, а в то же время по Москве пошли слухи, записанные иноземцами, что власть перейдет к одному из Романовых.