Порученные графиней А. С. Шереметевой архитектору А. Г. Григорьеву работы по ремонту фасадов храма, касались также и переделок его интерьеров. Пространство восьмерика храма было отделено (в целях утепления) деревянным перекрытием в форме плоского восьмигранного купола с лепной отделкой. Была разобрана восточная стена трапезной с тремя арочными проходами, объединив, таким образом, трапезную с четвериком. Путем растески увеличили оконные и дверные проемы. Самостоятельные приделы прпп. Варлаама Хутынского и Сергия Радонежского объединили с центральным алтарем. При этом входы в приделы с гульбища были заложены, устроены новая солея и каменные полы.
Дворец Разумовских-Шереметевых. Вид с Воздвиженки. Фотография 1860-х годов.
С. Д. Шереметев вспоминал: «…В своих заботах о восстановлении церкви моя мать находила сочувственную поддержку со стороны митрополита Филарета. …Освящение храма совершилось торжественно 21 сентября 1847 года. Пел хор наших певчих и служил митрополит Филарет. Своим тихим, но внушительным голосом он произнес слово. «Иметь храм Божий близ себя, в своем доме, – так начал Филарет, – приятная и вожделенная мысль, когда подумать о благодати храма Божия, но и устрашающая мысль, когда подумать о святости Живущего в нем». Развивая свою мысль, митрополит Филарет указывал на ветхозаветный пример Озы и на судьбу его, и закончил такими словами: «Новая благодать Христова снисходительнее и щедрее ветхого закона Моисеева. Как звездами усеяно небо, так она усеяла храмами Божиими землю; и нередко позволяет дому человеческому принять в свои объятия дом Божий. Сей храм, ныне освященный, не ныне присвоен дому, но еще в предшествовавшем роде. Ныне воздействовала благочестивая мысль возвратить ему святыню, которую он имел, и которой лишился было. Да не устрашает он святынею своею живущих в доме сем, но паче да утешает и облаготворяет их своею благодатию. Да благословит Господь их, и вся, яже их, дома ради Господня. Да сотворит же благодатию своею, чтобы прилежащий к сему храму дом всегда был к нему близок благочестивым усердием, и во всех отношениях достоин святого соседства. Аминь». В числе сослужащих был и ректор Академии архиепископ Алексий, будущий Московский викарий.
Домовая церковь Шереметевых. Фотография 1881 года.
Переписываясь с моею матерью, он так говорит об этом дне: «О Вашей чудесной церкви в Москве я давно уже сказал, что она, точно Крестовая при Патриархе. Ваши прекрасные, христианские чувства при воспоминании о Храме и о том, что я служил в нем литургии, меня тронули и смутили; я смутился от мысли, мелькнувшей в моей душе: неужели я стою, чтобы радовались о моем служении. Не стою по грехам моим, не стою, а что молимся о Вас ко Господу Храма и Пресвятой Его Матери – это правда. Слово, говоренное на освящении Вашего Храма, цензор прочитал, и позволение печатать написал. Присылаю к Вам поздно с желанием, чтобы Вы приказали печатать в посте, к празднику. Благословение Божие призываю на Вас, как всегда, так и ныне. Прошу и мое имя помянуть в Вашем Храме 12 февраля. Арх. Алексий в Троицко-Сергиевой Лавре. Января 29. 1848 года».
Проект перестройки двух 1-этажных флигелей и постройки вновь 3-этажного здания по улице Воздвиженке. Архитектор Серебряков. 1877 год.
План владения графа А. Д. Шереметева, состоящий в Тверской части по улице Воздвиженке и Шереметевскому переулку.
I. По Шереметевскому переулку 4-этажный каменный дом с подвалом; VI. По Воздвиженке каменный 4-этажный дом с подвалом; IX. Во дворе каменная церковь во имя Знамения Пресвятыя Богородицы. 1914 год.