Монастырская стена построена по всем правилам крепостного зодчества конца XVII века. С внутренней стороны она традиционно делится на две части. Нижняя расчленена полуциркульными, близкими к ордерным пропорциям нишами для бойниц подошвенного боя. Верхняя часть представляет собой боевой ход, огражденный балясным парапетом. Боевому ходу на всем протяжении соответствуют два ряда бойниц: щели, предназначенные для стрельбы вдаль, и машикули, позволяющие осматривать и оборонять основание крепости. Два равномерных ритмических ряда архитектурных членений - ниши для бойниц подошвенного боя и опоры, поддерживающие кровлю боевого хода, - архитектор сдвинул относительно друг друга, что еще более подчеркнуло два основных горизонтальных пояса крепостной стены.
Наружное архитектурное решение традиционно лаконично. До венчающей части стена выложена под едва заметным для глаза откосом. Венчающая часть составляет более чем одну треть от общей высоты. Переход к ней осуществляется с помощью уступа, которому по традиции соответствуют машикули. Ряды этих бойниц, расположенных в частом ритме, п горизонтальные тяги, выложенные уступчиками, составляют единый декоративный пояс, который охватывает стену на всем протяжении.
Стремясь связать монастырскую ограду в единый ансамбль с Воскресенским собором, архитектор умело использовал принцип силуэтного подобия, придав башням силуэт, близкий ротонде собора. В полукруглых выступах, 'примыкающих к основным объемам, расположены винтовые лестницы, которые соедипяют вторые и третьи ярусы башен. Предположительно в XVIII веке башни получили палестинские названия: Гефсиманская, Сионская, Давидов дом, Иноплеменничья, башня Варуха, Ефремова, Дамасская. Башня над западными воротами, частично перестроенная в середине XVIII столетия, в царствование императрицы Елизаветы Петровны, называется Елизаветинской.
По сложившейся в архитектуре второй половины XVII века традиции над центральными воротами монастыря, расположенными с востока, была построена церковь. Надвратная Входоиерусалимская церковь - тип многоярусного центричного храма «восьмерик на четверике», который получил широкое распространение в архитектуре конца XVII века. Ярусный храм, поставленный на проездные ворота и органично связанный с ними, - единственное в своем роде композиционное решение в архитектуре конца XVII века.
Надвратная церковь имеет строгий декор, выполненный из кирпича, который повторяет мотивы архитектурного декора крепостной стены. Полуколонны обрамляют проездные ворота и нижние ярусы восточных башен. На надвратной церкви расположен такой же декоративный пояс, как и на венчающей части крепостной стены.
Одно из наиболее удачных планировочных решений Я. Бухвостова - расположение надвратной церкви по отношению к Воскресенскому собору. Характерно, что известные рисунки и гравюры с видами собора, исполненные в XVIII - первой половине XIX века Дж. Кваренги, М. Ф. Казаковым и рядом других архитекторов, показывают его через арку проездных ворот надвратной церкви.
Принципы упорядоченности, регулярности, характерные для планировки монастырей в конце XVII столетия, прослеживаются и на примере Нового Иерусалима. Панорамы ансамбля были построены на основе четкой осевой симметрии и рассчитаны на далевое восприятие с исторически сложившихся точек зрения: с юга, от Звенигородской и Волоцкой дорог - главных магистралей того времени; с юго-востока, с высокого крутого берега реки Истры, от села Воскресенского (современная Истра); с северо-запада, от скита патриарха Никона.
В расположении всех служебных построек монастыря тоже чувствуется единый творческий замысел: они размещены таким образом, чтобы не нарушить чистоты ансамбля и не мешать восприятию Воскресенского собоpa. Надвратную церковь фланкируют прямоугольные корпуса служебных палат. Между Дамасской и Ефремовой башнями к стене примыкают Солодовые палаты. Справа от Елизаветинской башни находится Хлебный корпус. Все эти пристройки прямоугольные в плане, с крышей на один скат, которая подходит к ба-ляспому парапету крепостной стены. Лишь с севера расположены поставленные по одной линии два одноэтажных Братских корпуса, между которыми находятся Архимандричьи палаты.
На завершающем этапе возведения крепостной ограды Я. Г. Бухвостов редко бывал в монастыре, так как одновременно вел строительство Успенского собора в Рязани и церкви Спаса Нерукотворного в селе Уборы под Москвой. Подряд на строительство надвратной церкви он передал Филиппу Ивановичу Попуге и Емельяну и Леонтию Михайловым. Но в целом гармоничный облик ансамбля был определен Бухвостовым. С внешней стороны ограда воспринимается как обрамление собора, а с внутренней, с боевого хода, задуманного как гульбище, открывается великолепный обзор его.