Памятники монастырского некрополя находятся внутри Воскресенского собора и на территории монастыря, к югу и к северу от подземной церкви Константина и Елены. В настоящее время сохранилось 74 надгробия. Некрополь, как и весь архитектурный ансамбль, пострадал в годы Великой Отечественной войны. Многие памятники были разбиты, некоторые сдвинуты с места захоронения или исчезли. Документы монастырского архива и литературные источники позволяют получить сведения о несуществующих ныне захоронениях и воссоздать историю монастырского кладбища.
Наиболее древняя часть некрополя - усыпальница XVII века - находится внутри Воскресенского собора. Первые захоронения относятся к 1665 году. Под лестницей, ведущей в придел Голгофы, по распоряжению патриарха Никона были погребены художник Петр Заборский и иподьякон Никита Никитин,
Уже при строительстве собора частично была воспроизведена та система гробниц-святынь, которая существовала в храме-подлиннике в Палестине. По церковному преданию, под Голгофой находились захоронения первого человека Адама и первого ветхозаветного священника Мельхиседека. На этом месте в храме Гроба Господня в Иерусалиме существует придел Иоанна Предтечи, иначе называемый Адамовым. С XII века, времени владычества крестоносцев, в этом приделе помещались гробницы исторических лиц - первых иерусалимских королей Готфрида Бульонского и Болдуина (об этом гласит текст каменной коррективы, укрепленной в 1680-е годы у входа в одноименный придел Воскресенского Новоиерусалимского собора).
Система гробниц Иерусалимского храма в какой-то степени повлияла на размещение наиболее древних памятников некрополя Воскресенского монастыря. В первую очередь это можно отнести к гробнице самого патриарха Никона - по завещанию он был похоронен именно в приделе Иоанна Предтечи, что должно было поставить в один ряд патриарха - «первосвященника» русской церкви с первосвященником ветхозаветным.
Такую же аналогию можно усмотреть в том, что ближайшие ученики Никона, настоятели Новоиерусалимского монастыря, были похоронены в первом ярусе колокольни, - там, где в храме-подлиннике хоронили иерусалимских патриархов. В церкви Всех Святых под колокольней сохранились могилы архимандрита Герасима (1659 - 1665) и архимандрита Германа (1681 - 1682). В связи с разрушением собора места захоронений других настоятелей монастыря неизвестны, но из документов архива явствует, что традиция захоронения их внутри собора продержалась до второй половины XVIII века. Например, в 1771 году в соборе был погребен архимандрит Никон (1768 - 1771).
В южной части Воскресенского собора, где сосредоточены наиболее ранние захоронения, в приделе Архангела Михаила погребен Иван Шушерин - первый «жиз-неописатель» патриарха Никона.
С захоронениями этого периода связаны замечательные памятники поэзии и эпиграфики конца XVII века - стихотворные эпитафии. Наиболее яркой из них является эпитафия патриарху Никону, высеченная на белокаменной плите. Автор ее - архимандрит Герман. В эпитафии изложена история жизни, изгнания и смерти патриарха.
Вторая стихотворная эпитафия принадлежит архимандриту Никанору. Она помещена над захоронением архимандрита Германа и говорит о нем как о «рачителе писания хитроученом», «сочинителе изрядных песнопений» и «сложного писания» над гробом патриарха.
С течением времени внутри собора и на территории монастыря появляются захоронения местных землевладельцев и лиц, сделавших крупные вклады в монастырь. Первое захоронение такого рода - могила Василия Юшкова (ум. 1726) в приделе Архангела Михаила. Он был стольником вдовствующей царицы Прасковьи Федоровны, матери императрицы Анны Иоанновны. В 1723 году В. Юшков был сослан в Нижний Новгород, а последние годы своей жизни провел в вотчине, находящейся недалеко от Воскресенского монастыря.
Одна из дочерей Василия Юшкова была замужем за полковником И. М. Самариным. Могилы членов семьи Самариных находятся вне стен собора, к югу от подземной церкви. Самарины были в дальнем родстве с известными славянофилами из кружка И. С, Аксакова - Д. Ф. и Ю. Ф. Самариными.
Родственные связи и близость земельных владений к Воскресенскому монастырю определили состав монастырского некрополя в XVIII веке. Здесь мы находим представителей древних дворянских фамилий - Нащокиных, Олениных, Загряжских, Голицыных, Наумовых и других.
Лица, захороненные в монастыре, находились в родстве с видными государственными и общественными деятелями, деятелями культуры.
Алексей Степанович Бестужев-Рюмин и его дочь Наталья Алексеевна, вышедшая замуж за местного помещика А. Карпова, - представители старого дворянского рода Бестужевых-Рюминых, из которого вышли известные государственные деятели периода царствования Петра I, Анны Иоанновны, Елизаветы Петровны, декабрист М. П. Бестужев.