При сравнении первых двух проектов, принадлежавших самому Муравьеву, обращает на себя внимание то разнообразие в построении факультетов, которое они предлагали. Перед глазами Муравьева было несколько европейских моделей преподавания. Сначала он копирует геттингенскую модель, устанавливая в университете пять факультетов: богословский, медицинский, философский (нравственных и градоправительных наук), который бы включал в себя юридические предметы, философию, политическую экономию, технологию и статистику (вспомним доклад комитета 1802 г.!), физико-математический факультет и факультет словесных наук. Но во второй редакции он возвращается к более привычной для Московского университета (и восходящей еще к средневековой традиции) схеме, где юридические и философские предметы существуют отдельно, при этом к последним присоединяются и естественные науки, а физико-математический факультет исчезает. Таким образом, в авторском тексте его устава 5 факультетов идут в таком порядке: богословский, гражданских наук (юридическо-политический), медицинский, умственных и естественных наук (философский), словесных наук (факультет свободных искусств). Характерно присутствие в обоих проектах богословского факультета из трех кафедр: «1) догматического богословия, гомилетики и катехитики; 2) ерменевтики и эксигетики; 3) церковной истории и чтения святых отец»[34]
. Профессора этого факультета должны были назначаться Святейшим синодом из лиц духовного звания и не могли занимать должность ректора, а его выпускники получали свидетельство, открывавшее им дорогу к получению прихода. Видимо, лишь на последней стадии обсуждения устава из него был исключен богословский факультет (его введение вряд ли было бы одобрено Синодом, поскольку нарушало сложившуюся структуру духовного образования) и восстановлены по немецкому образцу предметы четырех других факультетов.Расположение факультетов Муравьев увязывал с общим ходом обучения студентов в университете. Так, в первом проекте он писал, что студенты, сначала поступая на словесное или физико-математическое отделение, приготовляются к слушанию градоправительных или врачебных наук, а для студентов, переведенных из семинарии, словесный факультет послужит подготовительным к богословскому. Таким образом, Муравьев стремился выровнять уровень подготовленности студентов и способствовать их энциклопедическому образованию. Хотя эти положения не были закреплены в университетском уставе, на практике именно ими руководствовалось начальство университета, назначая студентам на первом году обучения общеобразовательные лекции сразу нескольких отделений. Срок обучения в проектах Муравьева был установлен в три года для всех факультетов, причем студенты, с успехом учившиеся в течение двух лет, могли требовать у ректора (после небольшого испытания в присутствии профессоров) выдачи им свидетельства об учебе для поступления на гражданскую службу в соответствующем студенческому званию 14 классе. Остальные же студенты, полностью окончившие курс обучения, производились в ученые степени, причем звание кандидата Муравьев первоначально закреплял лишь за казеннокоштными воспитанниками педагогического института, а своекоштные студенты могли требовать экзамен на степень магистра или доктора.
Много места во второй редакции своего устава Муравьев уделяет формулировке общих принципов, на которых должна строиться жизнь университетской корпорации. Эти принципы, давно признанные в Европе, теперь только утверждались в России и были призваны закрепить здесь дух высокой научной этики, стремления к глубоким, целенаправленным ученым поискам в атмосфере равноправия, взаимоуважения и терпимости. Цель обучения в университете — «распространение знаний, возвышающих общее благоденствие и составляющих истинного гражданина, и неразлучное с оным распространением исправление нравов. Университету принадлежит согласовать беспрестанно нравственную пользу слушателей своих с просвещением разума и соединить благоразумную свободу размышления с почтением к законам и положением общества. Нетерпение мнения, порицание варварских времен столько же мало прилично сему знаменитому сословию, сколько дух своеволия, неверноподобных утверждений и бесполезного прения… Университету должно прилагать к тому все старания, чтоб быть всегда наравне с состоянием наук в других странах Европы и приобщать к курсу учения все новые откровения, получившие одобрение ученых. С другой стороны, должен он блюсти внимательно, чтобы не вкрались в него ложные умствования, которые вместо просвещения омрачают разум и развращают сердце». Но, как бы то ни было, мнения о науках никогда не должны служить поводом к гонениям. К сожалению, именно этим положением проекта Муравьева, не включенным в окончательный текст устава, в университетской истории очень часто пренебрегали.