Из вышесказанного ясно, что во многих местах второго проекта ярко проявился идеализм Муравьева, столь свойственный его творчеству и мировоззрению. Попечитель мечтал, что благородные принципы эпохи Просвещения будут пронизывать всю деятельность университета. Так, например, взаимоотношения ректора и студентов представлялись ему в том духе, что «ректор облечен отеческой властью в рассуждении учащихся и должен растворять строгость снисхождением, рассуждая, что суду его подвержены будущие члены гражданского общества, над коими увещания более наказания действуют. Во всякое время должен он склонять сердца их к добру, воспрещая развратникам обольщать их неопытность, удерживая их от расточения и имея неусыпное наблюдение над всеми поступками их, когда они наименее того опасаются». Соответственно и наибольшим наказанием для студента может быть «внушение ему от ректора оставить университет или отсылка от оного, из коих последнее подтверждается общим собранием, по Предложению ректора». За меньшие проступки, которые давали надежду к исправлению виновника, предполагалось его заключение в университетскую темницу, которое «не должно содержать в себе ничего вредного здравию учащегося, но оно предполагает совершенное уединение и более одного виновного не может быть в одном месте».
В этом аспекте третий проект, который рассматривал Муравьев, был гораздо более практическим и конкретным по духу, и окончательный устав возник в результате их синтеза, при котором сохранились отчасти и благородный, идеалистический дух первых проектов, и деловая направленность третьего варианта. Из положений последнего, не вошедших в завершающую редакцию, отметим, что, с одной стороны, его авторы заботились о расширении связей университета с Европой, предлагая беспошлинный ввоз всех учебных пособий из-за границы, облегченный въезд и выезд из России иностранных профессоров; с другой стороны, выдвинули несколько жестких статей: об университетской полиции, об обязательной цензуре, которую должны проходить все книги, выписываемые для университетской библиотеки и частных собраний профессоров и адъюнктов. Особая статья посвящалась порядку «состязания», которое должен выдержать желающий получить ученую степень, и мерах, позволивших бы избежать пристрастие к нему со стороны профессоров отделения, на котором он учился. Впрочем, третий проект не закончен, поэтому судить о полной программе его составителей довольно трудно.
Подготовка университетского устава Муравьевым и обсуждение его Главным правлением училищ проходило в течение полутора лет, и 5 ноября 1804 г. он был подписан Александром I и провозглашен от высочайшего имени. Университету даровалась Уставная грамота, над составлением которой также трудился Муравьев[35]
. Следуя его тексту, император торжественно заявлял: «Обращая особенно внимание Наше на Московский Императорский университет, который через полвека имел столь великое участие в образовании людей способных для Государственной службы, в распространении знаний и наипаче в усовершенствовании отечественного языка, рассудили Мы за благо изъявить через сие торжественную признательность Нашу сему первому в России высшему Училищу, даровав оному новые права и преимущества, более сообразные с просвещением текущего времени». В грамоте подтверждались основные принципы университетской автономии, установленные Предварительными правилами. Император даровал пенсии вдовам профессоров и их детям; особыми льготами пользовалось звание заслуженного профессора. Грамота устанавливала ежегодную сумму, отпускаемую на нужды университета, в 130 тыс. рублей[36]. Существование Московского университета торжественно подтверждалось Александром I «за Нас и преемников Наших»[37].