По уставу (общая часть которого относилась к трем университетам: Московскому, Харьковскому и Казанскому) в состав университета входят профессора — ординарные и экстраординарные, разделенные по факультетам (отделениям), а также адъюнкты, магистры, учителя «языков, приятных искусств и гимнастических упражнений» и студенты. Ординарные и заслуженные профессора под председательством ректора образовывали университетский совет, который управлял учебной частью университета и его округа. В правление, занимавшееся хозяйственной частью, входили ректор, деканы факультетов, а также непременный заседатель, назначаемый туда попечителем из числа ординарных профессоров, «ближайший к ректору помощник в делах к правлению и университетскому суду принадлежащих», который обеспечивал преемственность дел правления после его перевыборов. Для обязательного участия в университетском суде из своей среды профессорами избирался ученый-законовед под названием синдика. Каждый университет должен был иметь педагогический институт, а также медицинские — клинический, хирургический и повивальный институты, типографию, был наделен правом цензуры. В уставе Московского университета при нем были предусмотрены подготовительные учебные заведения — академическая гимназия и благородный пансион, ученые общества; поощрялись благотворительные пожертвования от московского дворянства.
Новый устав строго упорядочивал систему преподавания и учебный план университета. Вводились 4 факультета: 1) нравственных и политических наук; 2) физических и математических наук; 3) врачебных или медицинских наук; 4) словесных наук. Вместо прежних 10 кафедр возникло 28, каждая из которых соответствовала одному преподаваемому предмету. Среди новых предметов, введенных уставом, умозрительная и практическая философия, дипломатика и политическая экономия, ботаника, минералогия, технология и науки, относящиеся к торговле и фабрикам, восточные языки. Личные симпатии попечителя Муравьева к античной культуре и древностям выразились в создании в Московском университете отсутствовавшей в других уставах кафедры теории изящных искусств и археологии. Устав устанавливал, что во главе каждого факультета стоял декан, ежегодно избираемый членами совета и представляемый попечителем на утверждение министра. И деканы, и ректор избирались сроком на 1 год, за 2 месяца до окончания курсов, с тем чтобы передача прав происходила на торжественном собрании университета в начале июля. В течение года два раза предусматривались каникулы: летом с 30 июня по 17 августа и зимой с 24 декабря до 8 января.
Автономия университета распространялась на тяжбы между членами его корпорации, при которых первую инстанцию составлял ректор; в сложных случаях и для апелляций собиралось правление, а высшей инстанцией с правом обжалования решений только для особо важных дел, через Сенат, являлся совет университета. Таким образом, университет в административном и судебном отношении был независим от местных правительственных учреждений. Согласно уставу, студенты по всем важным вопросам своей жизни должны были обращаться в правление университета. Для приема воспитанника оно рассматривало свидетельство о его успехах в гимназии или ином заведении или, если юноша обучался дома, назначало комитет для его испытания. Правление определяло студенту необходимые предметы, а по окончании курса, когда декан отделения и несколько профессоров принимали у студента (по его желанию) экзамен на получение диплома кандидата, присваивало ему эту ученую степень. Студент, не подвергающийся испытанию, пройдя курс обучения, получал от правления аттестат о прослушанных предметах и свидетельство о своем поведении. Срок обучения определялся уставом в 4 года для медиков и 3 года для остальных факультетов. Им предусматривались также публичные экзамены, диспуты на латинском языке при защите диссертаций на ученые степени (которые, впрочем, в первые годы слабо практиковались). В зависимости от того, содержался ли студент во время учебы на свой счет, дома, или за счет государства, разделялись своекоштные и казеннокоштные студенты, но обучение для всех было бесплатное (лишь учителя «языков, приятных искусств и гимнастических упражнений», как записано в уставе, должны были получать от своекоштных студентов умеренную плату по назначению совета). Казеннокоштные студенты пользовались бесплатным питанием и общежитием. Над ними осуществлял надзор особый инспектор из ординарных профессоров и его помощники из кандидатов и магистров, живших вместе со студентами.
Для поощрения научной работы ежегодно совет, «следуя обряду, в иностранных Университетах и Академиях установленному», объявлял награду за решение определенной задачи, «служащей к распространению наук», однако и размер вознаграждения, и задача утверждались министром народного просвещения. Из выделяемых университету средств некоторая сумма отводилась для двухлетних заграничных путешествий лучших магистров (по 2 человека каждый год).