Хотя в проекте разночинская и дворянская гимназии были отделены друг от друга, на практике все занятия в них происходили вместе, и различия заключались в том, что дворяне жили на отдельной половине, обедали за особыми столами и вносили плату за пансион. В 1779 г. всех дворян-пансионеров перевели из главного университетского здания в особое помещение, положив тем самым начало университетскому благородному пансиону. Разночинская же гимназия, почти не изменяясь, но только увеличивая количество своих воспитанников, просуществовала в том же виде до 1804 г.
Все гимназисты делились на казеннокоштных (штатных), получавших от университета бесплатное жилье, питание, одежду, книги и другие учебные пособия; своекоштных (таких в гимназии было большинство, поскольку штатные места обычно были заняты детьми и родственниками преподавателей университета); пансионеров, получавших содержание за умеренную плату, и сверхкомплектных (детей университетских служителей и беднейших чиновников), которые за счет доходов от университетской типографии и сборов с пансионеров получали бесплатное проживание и стол, но имели собственные книги, платье и пр. Так как после отделения благородного пансиона прибыли гимназии резко сократились, то вскоре при ней был открыт новый «сторублевый» пансион для дворян и разночинцев, которым ведал эконом Крупенников. Пансион Крупенникова располагался в особом корпусе по Никитской улице, и плата в нем действительно была очень скромной — 120 руб. в год.
Во главе гимназии стоял инспектор, назначавшийся из числа профессоров университета. С 1787 г. до принятия нового университетского устава эту должность занимал П. И. Страхов. В роли помощников инспектора выступали два эфора, тоже профессора университета, в обязанности которых входило наблюдение за порядком в гимназии и поведением учеников, а также учет и раздача книг, бумаги, перьев, инструментов и т. п. Последнее преимущественно относилось к ведению профессора A. М. Брянцева, а за поведение воспитанников отвечал профессор B. К. Аршеневский (до 1799 г.), а затем М. Г. Гаврилов (1799–1806 гг.)
Процедура приема учеников в гимназию была проста: инспектор бегло экзаменовал новичка и записывал его в те классы по каждому предмету, которые соответствовали его знаниям. Ученик получал табель, где на одной стороне было напечатано краткое наставление гимназисту, а на другой инспектор указывал фамилии учителей, которых тот должен посещать, там же делались отметки о пропущенных занятиях[290]
. Определенная часть гимназистов пополнялась за счет учащихся духовных школ и семинарий, переведенных в университет, поскольку их делали студентами не сразу, а только после некоторого времени обучения в гимназии.К числу предметов гимназического курса относились: математика, история и география, российская словесность, греческая и латинская словесность, Закон Божий и Священная история, музыка, рисование и чистописание, а также немецкий и французский языки. Каждый класс по этим предметам вело несколько учителей, так что общее их количество достигало 30 человек. Занятия проходили с 8 до 12 ч. утра и с 2 до 6 ч. вечера (кроме среды и субботы, когда вечерних уроков не было). Все ученики объединялись в несколько отделений, которые последовательно сменяли друг друга у своих учителей. (Перемена отделений была в 10 утра и в 4 после полудня.) Урок начинался с переклички и опроса учеников. Их посещаемость и оценки фиксировались аудиторами, назначенными из наиболее прилежных учеников, в особых списках, по которым затем составляли сводную ведомость успеваемости гимназистов, прилагавшуюся для каждого экзамена. Впрочем, любой гимназист мог, по собственному желанию и с согласия инспектора, поменять своего учителя или время посещения занятий.