К началу XIX в. небольшие доходы от пансиона Крупенникова и откупов типографии уже не давали достаточно средств для содержания гимназии с более чем тысячью учеников. К тому же она не вписывалась в новую структуру народных училищ, согласно которой в Москве должна была открыться губернская гимназия, отделенная от университета. Поэтому попечитель М. Н. Муравьев склонялся к мысли упразднить университетскую гимназию, и с 1804 г. этим непосредственно занялся ректор Чеботарев. Он закрыл «сторублевый» пансион, распустил 2
/3 сверхкомплектных и штатных воспитанников, а из своекоштных оставил не более 150 человек. Многие учителя были направлены во вновь открывающиеся губернские гимназии и уездные училища. Сумма на содержание гимназии еще более сократилась за счет расходов на обеды и платья воспитанников. Гимназия готова была сама собой исчезнуть, если бы не избранный в 1805 г. ректором П. И. Страхов, который, исполняя много лет подряд обязанности инспектора гимназии, близко к сердцу принимал все ее нужды и постарался сделать все, чтобы сохранить это училище, сыгравшее столь большую роль в жизни университета. По его инициативе был отменен откуп типографии, которая лишь за один год после этого принесла прибыль в 12 раз больше прежней. Пятую часть прибыли ректор направил на содержание гимназистов. Также значительно помог и пожертвованный П. Демидовым капитал, проценты от которого предназначались казеннокоштным студентам и гимназистам. Попечитель согласился с инициативой Страхова, и 28 октября 1806 г. было принято новое постановление об академической гимназии при Московском университете.Поскольку академическая гимназия должна была теперь опять войти в новую систему народного просвещения России, в преамбуле постановления заново определялась цель ее существования: «Предмет сего воспитательного и учебного заведения есть двойной: 1-й, чтобы способствовать успешнейшему производству учения в губернских гимназиях Московского округа; 2-й, чтобы быть надежнейшим источником для наполнения праздных мест в числе студентов, кандидатов и магистров университетского казенного содержания, составляя как бы рассадник ученых чиновников Московского учебного округа»[293]
. Таким образом, в академической гимназии должны были обучаться преимущественно казеннокоштные воспитанники, с тем чтобы по окончании учебного курса они производились в казеннокоштные студенты, которые, согласно уставу 1804 г., должны были потом отработать 6 лет в пользу университета и его учебного округа. В гимназию допускались и сторонние, т. е. своекоштные, ученики, но в таком количестве, чтобы «не слишком обременять учителей». Число же штатных гимназистов ограничивалось средствами университетского хозяйства, но не должно было быть меньше 60 человек. Постановление фиксировало срок полного обучения в гимназии — 4 года; таким образом, каждый год из гимназии в университет должно было поступать не менее 15 студентов. Постановление также предусматривало, что в академическую гимназию будут поступать лучшие ученики из губернских гимназий, не способные учиться на собственном иждивении.Принятие нового постановления вызвало некоторые перестановки в руководстве гимназией. Должность эфора теперь не была предусмотрена, хотя, несмотря на это, профессор Брянцев продолжал вести учет и следить за сохранностью книг и инструментов. Новым инспектором гимназии и одновременно инспектором казеннокоштных студентов был утвержден один из прежних эфоров — В. К. Аршеневский, его помощником — адъюнкт Т. И. Перелогов. Своекоштные гимназисты, как и прежде, подчинялись непосредственно ректору. Несколько расширилась учебная программа; туда вошли предметы, включенные в университетский курс вследствие реформ Муравьева: нравственная и политическая философия, начала государственного хозяйства, древности и мифология, краткий курс естественной истории; появились уроки английского языка. В постановлении определялось, что высшие классы по всем предметам должны вести лекторы и адъюнкты университета, а начальные классы — магистры, «с соразмерным облегчением их занятий в университете или с прибавкой жалования». Закон Божий преподавал настоятель университетской церкви (им в это время был протоиерей П. Малиновский). Таким образом, гимназия позволяла большинству молодых ученых, еще не добившихся кафедры, получать жалование от университета и совершенствовать преподавательское мастерство. В программу занятий по-прежнему включались занятия музыкой, рисованием и танцами, усиленное изучение греческого языка, а также развернутый курс математики, вплоть до уравнений третьей степени и конических сечений.