О.И. Лобов 3 апреля 1996 года освобожден от должности секретаря Совета безопасности. На его место был назначен министр иностранных дел Евгений Примаков. П. Хлебников писал: «Олег Лобов, заместитель премьер-министра и глава Совета безопасности, был обвинен в том, что продавал оружие “Аум Синрикё”, секте судного дня, — в 1995 году они в токийском метро, применив нервно-паралитический газ зарин, убили много людей. На следствии сектанты объявили, что получили от Лобова технологические документы на производство зарина в обмен на 100 тысяч долларов. Более того, Лобов разрешил членам секты “Аум Синрикё” вести военную подготовку на засекреченной военной базе в центре России. На допросах в прокуратуре Лобов все отрицал. Расследование было прекращено, но Лобова из правительства убрали».
Министр обороны П.С. Грачев 17 июня 1996 года отправлен в отставку. Министр финансов в 1993–1994 гг. Борис Федоров вспоминал: «Грачев выпивал вместе с президентом, ходил с ним в баню, купался, отдыхал и, казалось, пользовался его безграничным доверием, хотя явно был некомпетентен — провалил чеченскую кампанию 1994–1995 гг. и реформу армии. Все прегрешения прощались Грачеву, награды сыпались на него как из рога изобилия, но пришло время, и в одночасье он исчез из жизни Ельцина. Как будто его никогда и не было».
Генерал-полковник Николай Ковалев 9 июля 1996 года назначен директором ФСБ. Он проработал в этой должности до 25 июля 1998 года.
Анатолий Чубайс 15 июля 1996 года назначен руководителем Администрации президента РФ вместо Николая Егорова. Киносценарист Анатолий Гребнев записывает: «Назначение Чубайса — неожиданное, по-своему, даже сенсационное. Чубайс (а не Сосковец!) — опора президента. Чубайс — противовес Лебедю!.. Радость интеллигенции». Газета «Рабочая трибуна» 4 февраля 1997 года сообщала: «Глава администрации президента Анатолий Чубайс уплатил 515 миллионов рублей налога с полученных в апреле — июле 1996 года 278 тысячах долларов».
Именно Чубайс выстроил всевластную президентскую администрацию. Он подчинил помощников президента РФ заместителям главы администрации, ввел в структуру администрации аппарат Совета безопасности, создал дополнительно множество кремлевских управлений, контролирующих всю экономическую и политическую жизнь страны.
Валентин Юмашев в июле 1996 года назначен советником президента РФ. Он проработал в этой должности до 11 марта 1997 года. Борис Березовский говорил: «Юмашева я считаю умным человеком, я бы даже сказал мудрым, очень чувствительным к конкретной ситуации. Юмашев абсолютно блестящий придворный игрок».
Владимир Потанин 14 августа 1996 года назначен первым заместителем председателя Правительства РФ. Он проработал в этой должности до 17 марта 1997 года. Борис Федоров вспоминал: «Бизнесмен В. Потанин привнес в правительство струю коммерческой энергии, за что его В. Черномырдин и невзлюбил. И его можно понять. Как должен себя чувствовать премьер-министр, когда его первый заместитель ездит на работу на личном “Мерседесе”, обеды ему привозят из “ОНЭКСИМбанка”, а в его приемной толпятся секретарши с формами топ-моделей и зарплатой в несколько тысяч долларов? Причем, на работе этот вице-премьер, в основном, занимается личным бизнесом, а по вечерам отправляется куда-нибудь поразвлечься в разбитной компании. Долго В. Потанин в правительстве не задержался. Какой Черномырдин такое выдержит?» Ельцин 27 октября 1996 года подписал распоряжение, которым руководителю Федеральной службы охраны поручено представить материалы к увольнению с военной службы бывшего начальника Службы охраны президента РФ Александра Коржакова. В документе отмечается, что генерал-лейтенант Коржаков после освобождения указом президента РФ от 20 июня 1996 года от занимаемой должности «выступил с рядом клеветнических заявлений в адрес президента РФ и членов его семьи, а также допустил разглашение информации конфиденциального характера, ставшей ему известной в связи с исполнением служебных обязанностей».
Газета «Вечерняя Москва» 19 декабря 1996 года сообщала: «Руководитель Администрации президента РФ Анатолий Чубайс опроверг утверждения ряда СМИ о том, что дочь Бориса Ельцина Татьяна Дьяченко может быть в ближайшее время назначена помощником главы государства».
Чубайс 7 марта 1997 года назначен первым заместителем председателя Правительства РФ и освобожден от должности руководителя Администрации президента РФ. Новым руководителем Администрации президента РФ 11 марта назначен В.Б. Юмашев. Он проработал на этой должности до 7 декабря 1998 года.
Ельцин 17 марта 1997 года назначил Чубайса по совместительству министром финансов, первым заместителем премьер-министра — Б. Немцова, заместителем премьер-министра — О. Сысуева. Одновременно президент РФ отправил в отставку первых заместителей премьер-министра A. Большакова, В. Илюшина и В. Потанина.