Вице-премьерами Правительства РФ 28 апреля 1998 года назначены Б. Немцов и В. Христенко, оставлены на своих постах министр обороны И. Сергеев, министр внутренних дел С. Степашин, министр иностранных дел Е. Примаков, министр финансов М. Задорнов, министр чрезвычайных ситуаций С. Шойгу, министр путей сообщения Н. Аксененко.
Чубайс 30 апреля 1998 года назначен на пост председателя правления РАО «ЕЭС России». Команда Чубайса первым делом занялась искоренением бартера и повышением сбора оплаты электроэнергии. Параллельно шло согласование с государственными органами будущего разделения и приватизации активов компании.
Путин, работавший начальником Главного контрольного управления президента РФ, 25 мая 1998 года назначен первым заместителем руководителя Администрации президента РФ, ответственным за региональную политику.
Отправлен в отставку 25 июля 1998 года директор ФСБ Н.Д. Ковалев, и на эту должность назначен Путин. Ельцин вспоминал: «Я задумался, кого ставить вместо Ковалева? Ответ пришел мгновенно: Путина! Во-первых, он немало лет проработал в органах. Во-вторых, прошел огромную управленческую школу. Но главное, чем дольше я его знал, тем больше убеждался: в этом человеке сочетаются огромная приверженность демократии, рыночным реформам и твердый государственный патриотизм». Министром внутренних дел 11 сентября 1998 года назначен Сергей Степашин.
Государственная Дума 12 сентября 1998 года утвердила на должность премьер-министра Евгения Примакова. Журналистка Елена Трегубова вспоминала: «Загнавший сам себя в угол Кремль принял парадоксальное, но единственное в той ситуации спасительное для себя решение: сдаться коммунистам. Вернее, сдать им власть в аренду, в лизинг, на время. И уползти в берлогу зализывать раны. Единственным человеком, которому Ельцин согласился “дать подержать” власть под честное слово, оказался Евгений Примаков».
Евгений Примаков вспоминал: «При рассмотрении моей кандидатуры я не выступил с широковещательными обещаниями. Более того, сказал, что “не волшебник”, и что возглавляемое мною правительство не сможет в короткие сроки принести благополучие и процветание стране, находящейся в тяжелейшем кризисе. А в заключении с языка сорвалось: не знаю, что для меня лично лучше — проголосуете вы за меня, как за главу правительства, или нет. При голосовании получил 317 “за” — больше конституционного большинства. Это был своеобразный рекорд».
Ненадолго 7 декабря 1998 года покинув Центральную клиническую больницу и появившись в Кремле, Ельцин отправил в отставку главу Администрации президента РФ В. Юмашева, его первого заместителя Ю. Ярова, заместителей М. Комиссара и Е. Савостьянова, а также генерального директора ФАПСИ А. Старовойтова. Одновременно в свое подчинение Ельцин взял Министерство юстиции и Государственную налоговую службу, причислив их к силовым структурам, которые по Конституции подчинялись непосредственно президенту РФ. На место главы своей администрации он назначил Н. Бордюжу — генерал-полковника, руководителя пограничной службы России...
Ельцин 25 февраля 1999 года встретился с журналистами и заверил их, что «не расстанется с Евгением Максимовичем[86]
до 2000 года».Отправлен в отставку 19 марта 1999 года глава Администрации президента РФ генерал-полковник Н.Н. Бордюжа, проработав на этой должности чуть более трех месяцев. В 15.00 состоялся телефонный разговор между Бордюжей и Ельциным: