Помещения во всех ярусах – сводчатые. В северо-западном углу сеней подклета – вход на внутристенную лестницу, соединявшую подклет со вторым этажом. Возможно, что изначально к палатам примыкали наружные крыльца, ведущие к сеням второго этажа; в таком случае парадное крыльцо было с юга. Крыльца существовали и у торцов здания. В 1690-х гг. с востока было выстроено новое Красное крыльцо, составной частью вошедшее в узкий, на всю высоту дома объем, выступавший ризалитом на северном фасаде, и каменный, на двух арках переход от дома к церкви (не сохранился). Одновременно с запада возвели пристройку с ризалитом, симметричным таковому, расположенному с восточной стороны. (Для сведения читателя, мало знакомого с архитектурной лексикой, поясним, что ризалит – часть здания, выступающая за основную линию фасада во всю его высоту. Различают средние, боковые и угловые ризалиты, а также симметричные по отношению к центральной оси здания.) Тогда же была заново украшена и отремонтирована юго-восточная (крестовая) палата на парадном втором этаже. В это время над третьим этажом существовал четвертый, летний (как полагают, деревянный) этаж, вокруг которого располагались белокаменное гульбище (фрагменты его уцелели) и «висячий сад»; возможно, тогда же поставили каменное крыльцо с юга, устроив при нем ретирады (не сохранилось). Сложный венчающий карниз дома, междуэтажные тяги, лопатки, пышные наличники окон, кувшинообразные столбы парадного крыльца, применение белого камня и полихромных изразцов в наружном декоре, резьба и роспись, сохранившаяся на своде юго-восточной палаты, – весь этот набор деталей и приемов делает здание нарядным и пластически насыщенным.
Наружный декор первоначально, видимо, дополнялся росписью; ее фрагменты были обнаружены на южном фасаде. В 1703– 1711 гг. дом перестраивался. Хозяином усадьбы в ту пору был дьяк Оружейной палаты А.Ф. Курбатов, женившийся на вдове Я.А. Кириллова. Он являлся главой московского магистрата и фактически возглавлял строительство Арсенала. В это время к средней части северного фасада был пристроен ризалит, увенчанный «теремком» (последний явился как бы частью четвертого, не сохранившегося деревянного этажа). «Теремок» был перекрыт деревянным сводом (восстановлен реставрацией с изменением конструктивного решения). Пристройка с богато декорированной венчающей частью (по сторонам «теремка» располагаются белокаменные волюты и рельефные изображения цветов и фруктов), с наличниками окон третьего этажа, увенчанными лучковыми фронтонами с раковинами в тимпанах и прочим белокаменным декором, принадлежит уже петровской архитектуре. Особенно интересен портал входа с мощным козырьком на фигурных консолях и лестницей перед ним, которая, как показали исследования, первоначально имела пятигранное очертание плана. С момента пристройки ризалита главным стал фасад дома, обращенный к реке. Эта местность, вобравшая в себя несколько пластов старомосковской жизни, вновь заставляет нас обратиться к раздумьям о том, как вошло в ее историю имя знаменитого опричника. Домысливая жизнь Малюты Скуратова, многие любители русской старины писали о подземных ходах, ведущих в Кремль, о многочисленных подвалах с пыточными тисками, о зарытых сокровищах и таинственных погребениях – серебряные монеты времен Ивана Грозного и человеческие скелеты были действительно обнаружены на Берсеневке еще в 1906 г. при строительстве там электростанции.