Храм вновь был основательно поврежден во время пожара Москвы 1812 г. Он долго бездействовал и пустовал. Наконец в 1855 г. его передали для подворья патриарха Александрийского. Восстановительные работы по проекту Н.И. Козловского продолжались до 1858 г. В январе 1858 г. освятили восстановленный храм: южный придел во имя святителя Николая, северный – преподобного Сергия Радонежского. В 1859 г. придел в честь Казанской иконы Божией Матери был освящен как главный престол. Центральный объем храма – небольшой четверик с одной большой апсидой. Он перекрыт сферическим куполом с восьмигранным барабаном и сложной барочной главкой на нем. Трапезная с приделами обхватывает четверик с запада, она несколько ниже храма, архитектор ввел элементы барочного декора, желая сделать ансамбль более единым. В 1885 г. построили шатровую часовню, стилизованную под архитектуру XVII века.
Храм закрыли в 1920-е гг., часовню – в 1929 г., крест с главы и главки на приделах сломали, к зданию сделали пристройки. Внутри церкви проложили междуэтажные перекрытия для оборудования инструментального цеха завода «Полиэтилен». В колокольне поставили заводскую гальваническую печь, а в часовне разместили раздевалку для рабочих. Деревянный шатер часовни сохранялся до 1970-х гг., когда подгнил и накренился над расположенной рядом автобусной остановкой. Тогда, вместо того, чтобы шатер починить, его сломали, оставив сверху только два ряда кокошников. В 1991 г. храм возвратили Русской Православной Церкви и вновь освятили.
Николая, святителя, в Покровском-Рубцове церковь
(Бакунинская улица, дом № 100).Первые документальные сведения о Рубцове относятся к 1573 г. Тогда оно принадлежало боярской семье Юрьевых. Затем по наследству (Никита Романович Юрьев был дедом царя Михаила Романова) вотчина перешла в собственность царской семьи. По сведениям М.И. Александровского в конце XVI в. Никольская деревянная церковь уже существовала, так как Рубцово названо в источниках селом. Каменный храм выстроили в 1765–1766 гг. Первоначально существовали приделы Покрова Пресвятой Богородицы и апостолов Петра и Павла.
Основная часть постройки – четверик – прост и гармоничен. Выразительны линии его высокого сомкнутого свода, увенчанного изящной главкой. Северный фасад был украшен нарядными деталями. Трапезная еще вполне соразмерна храму, а вот новая трехъярусная колокольня, выстроенная в начале XIX века, уже представляет собой иной масштаб и характер. Возведенная в строгих формах зрелого классицизма, она была одной из самых значительных и красивых колоколен своего времени в этом районе. Церковь в 1889–1892 гг. перестраивал архитектор П.П. Зыков. При этом новый объем трапезной не только значительно вырос в ширину, но и обхватил с трех сторон весь храм, а в высоту поднялся до его карниза. Были перестроены и алтари приделов, поставленные в одну линию с главным. Основным украшением фасадов стали большие окна, наличники которых декорированы в распространенном тогда русском стиле.
В 1931 г. храм закрыли. Его обезобразили до неузнаваемости, превратив снаружи в бесформенную каменную массу. Большое внутреннее пространство долгое время занимал хлебозавод № 13, затем его ремонтно-механические мастерские. Возрождение церкви началось в 1992 г. с создания общины. Уже в 1995 г. были возобновлены регулярные богослужения. Удалось почти полностью восстановить прежний архитектурный облик храма и трапезной. Воссоздана колокольня. Выбеленные стены возрожденного интерьера концентрируют внимание на своеобразном внутреннем объеме храма. Необычен размах широкой трапезной, слитой с двумя боковыми приделами. Ее горизонтальное пространство контрастирует с устремленным ввысь динамичным пространством барочного четверика с раскрытым на всю высоту вытянутым сомкнутым сводом. В храме возрождены иконостасы.
Николая, святителя, на Преображенском кладбище церковь
(улица Преображенский вал, дом № 25).В 1784 г. возле Преображенского кладбища возвели соборную часовню старообрядческой общины федосеевского толка (архитектор Ф.К. Соколов, по некоторым данным – В.И. Баженов). В 1857 г. после пристройки алтарной апсиды храм был освящен митрополитом Московским Филаретом (Дроздовым) как единоверческий. В 1866 г. он стал собором учрежденного единоверческого Никольского монастыря (закрыт в 1920-е гг.).
Главный престол освящен в честь Успения Пресвятой Богородицы, придел – во имя святителя Николая. В 1930-х гг. храм перешел к обновленцам, которые продали часть его старообрядцам новопоморского брачного согласия, которые занимают переднюю часть церковного здания и поныне. Трапезная и оба придела, которые разделяются с храмом глухой стеной, принадлежат Русской Православной Церкви. В храме сохраняются иконы XV–XVII веков.
Николая, святителя, при приюте купеческих приказчиков церковь
(Большая Серпуховская улица, дом № 44; уничтожена).