Первоначальная церковь была построена переселенцами из Новгорода в воспоминание о новгородском Софийском соборе, и впервые упоминается в источниках в 1480 г. Наименование «у Пушечного двора» связано с тем, что рядом находился крупнейший центр производства артиллерийских орудий и боеприпасов, память о котором ныне сохраняется в названии Пушечной улицы. В 1650 г. взамен обветшавшего деревянного храма возвели новый, освященный 19 июня 1650 г. при патриархе Никоне (по одним сведениям, деревянный, сгоревший в 1685 г., по другим – каменный, сохранившийся до наших дней). Церковь капитально перестроили в 1691–1692 гг., в ней был устроен придел святителя Николая. Храм обновлялся во второй половине XVIII в. – был возведен новый купол и колокольня. Храм пострадал во время пожара 1812 г., и был восстановлен в 1813–1816 гг. В 1816 г. приобрела свой нынешний облик колокольня, к ней пристроили портики тосканского ордена, был обрамлен колоннами второй ярус, возведена цилиндрическая надстройка, увенчанная куполом и шпилем. В 1842 г. построили южный придел Казанской иконы Божией Матери и трапезную. Таким образом, в XIX в. храм приобрел современный облик, в нем гармонично слились в единый образ черты московского храма XVII в. с ампирной обработкой декора. Храм стоит под углом к улице, к нему всегда тесно примыкали другие постройки, поэтому план его имеет неправильную форму; угол церковного здания как бы скошен линией улицы. В 1901 г. храм обновлялся.
Храм сохранился от разрушения после закрытия, хотя в 1930-х гг. были разобраны колоннада и верх колокольни. В январе 2000 г. было принято решение о передаче храма общине верующих, и начались работы по его восстановлению. Освящен 6 марта 2002 г. патриархом Алексием II.
Софии – Премудрости Божией в Средних Садовниках церковь
(Софийская набережная, дом № 32).Первое упоминание о храме на этом месте относится к 1495 г. Наименование «в Средних Садовниках» связано с тем, что храм был возведен в Средней Садовнической слободе, в которой жили царские садовники, занимавшиеся Царским садом и Аптекарским огородом, располагавшимися напротив Кремля в Замоскворечье. В этом храме во время своего приезда в Москву в 1663–1664 гг. проповедовал протопоп Аввакум.
Сохранившийся каменный храм был построен в 1682 г. К нему примыкали трапезная и шатровая колокольня. С 1697 г. в местном ряду иконостаса южного придела сохранялся список с чудотворной Владимирской иконы Божией Матери, сделанный трудами «иконного сего писания священника Иоанна Михайлова сына», о чем на чеканной ризе иконы была сделана подробная запись. Риза работы 1805 г. была уничтожена в 1922 г. Икона ныне находится в Третьяковской галерее. В 1722 г. освятили придел апостола Андрея Первозванного, в 1757 г. в трапезной – придел святителя Димитрия Ростовского, впоследствии упраздненный. Новый главный иконостас сооружен в 1857 г. В 1862–1868 гг. по проекту архитектора Н.И. Козловского была построена высокая шатровая колокольня, стоящая отдельно от храма. В 1868 г. на втором ярусе колокольни освятили церковь иконы Божией Матери «Взыскание погибших», где был устроен беломраморный иконостас. В 1891 г. архитектором В.И. Веригиным построена новая трапезная взамен обветшавшей. В ней 15 сентября 1891 г. освятили придел апостола Андрея Первозванного и 8 мая 1893 г. второй придел – святителя Николая.
В 1924 г. настоятелем храма стал протоиерей Александр Александрович Андреев (1901–1937), собравший вокруг себя сестричество, собиравшееся на вечерние агапы (беседы). При храме устраивались бесплатные обеды для неимущих. Отцу Александру удалось приобрести книги из библиотеки Оптиной пустыни, перевезти из закрытой церкви Рождества Пресвятой Богородицы в Старом Симонове позолоченный иконостас. Решив обновить старые росписи и украсить храм новыми, отец Александр пригласил реставраторов Ивана и Василия Барановых, а также художника графа Владимира Алексеевича Комаровского, который в 1929 г. над средней аркой храма написал композицию «О Тебе радуется всякая тварь». Он же изобразил ангелов на столбах. Это единственный известный пример росписи храма во всей истории 1920-х годов. В.А. Комаровский в 1937 г. был расстрелян на Бутовском полигоне.
После ареста в 1929 г. отца Александра Андреева храм был закрыт. В 1937 г. отец Александр был расстрелян. В 2000 г. причислен к лику святых новомучеников. После закрытия храма в нем обосновался «Союз безбожников», позже его отдали под квартиры и различные конторы. В середине XX в. производилась реставрация колокольни и церкви, которая так и не была завершена. В мае 1994 г. надвратный храм иконы Божией Матери «Взыскание погибших» был возвращен Русской Православной Церкви, и в следующем году его освятили.
Софии и Татианы, мучениц,
при детской больнице № 13 имени Н.Ф. Филатова церковь (Садово-Кудринская улица, дом № 15).