Внутри храм был двухъярусным. В верхнем ярусе находился главный престол, а также приделы великомученицы Параскевы Пятницы и преподобного Сергия Радонежского, устроенные в 1858 г. В нижнем ярусе располагались церковь Успения Пресвятой Богородицы, а также приделы Марии Магдалины, освященный в 1785 г., и святителя Николая, перенесенный туда в 1848 г. в связи с упразднением церкви Николы в Сапожках, откуда в Воздвиженскую церковь поступили иконы и богослужебная утварь. Первоначальное посвящение приделов неизвестно. Главный иконостас был устроен в середине XVIII века. В нем сохранялись древние иконы, поступившие из кремлевской церкви Двенадцати апостолов, переданные оттуда в связи с ее перестройкой в 1723 г. В конце XVIII века верхний храм расписали. В 1785 г. новое украшение получила и Успенская церковь, свод которой был декорирован кессонами со стукковыми розетками.
Крестовоздвиженский собор был очень популярен среди москвичей. В нижней церкви Успения Пресвятой Богородицы нашел последний приют канцлер при двух императрицах граф М.И. Воронцов, скончавшийся в 1770 г. Над его прахом установили великолепное, редкое по красоте мраморное надгробие, изготовленное в Италии. Сохранились изображения нескольких белокаменных надгробных плит с плохо читаемыми надписями, которые некогда были вставлены во внешние стены Крестовоздвиженского собора.
Тяжелый урон был нанесен храму во время Отечественной войны 1812 г. Перед приходом французов архимандрит монастыря Парфений сумел вывезти главные ценности монастырской ризницы в Вологду. Появившиеся в монастыре завоеватели осквернили нижнюю церковь Успения Пресвятой Богородицы, превратив ее в конюшню, в иконостас вбивали гвозди для развешивания сбруи, сожгли на дрова несколько икон. Оставшихся в монастыре монахов и монастырского казначея французы пытали, стараясь выяснить, где спрятаны ценности. Были вскрыты полы, под которыми французы искали сокровища. В 1814 г. Крестовоздвиженский монастырь упразднили. Соборный храм стал приходским. В 1820 г. на территории обители были построены дома для семей священников Успенского собора Московского Кремля.
В 1848 г. разобрали обветшавшую надвратную колокольню с церковь святого Никиты. В следующем году по проекту архитектора П.П. Буренина была построена величественная четырехъярусная колокольня, которая соединялась с Крестовоздвиженской церковью с помощью крытой паперти, окружавшей западную часть здания. Формы новых сооружений удачно сочетались со зданием церкви. В Крестовоздвиженской церкви венчался с Е.А. Болтиной писатель М.Е. Салтыков-Щедрин.
В 1931 г. был репрессирован священник церкви отец Александр Сидоров. В 1934 г. собор уничтожили в связи со строительством метрополитена. Часть монастырских владений сохранились на углу Воздвиженки и Крестовоздвиженского собора; на месте собора находятся подсобные сооружения метрополитена, на месте монастырской ограды – вход в подземный переход через Воздвиженку. Надгробие М.И. Воронцова было вывезено накануне сноса собора и хранится в Государственном научно-исследовательском музее архитектуры (ГНИМА) имени А.В. Щусева.
Воздвижения Креста Господня в Никольском единоверческом монастыре церковь
(улица Преображенский вал, дом № 25).В начале XVIII века в этой местности поселились раскольники, называвшие себя «феодосианами» (федосеевцами), по имени дьяка Феодосия Васильева, увлекшего их в раскол. Во время эпидемии чумы, постигшей Москву в 1771 г., раскольники создали монастырь и кладбище. В короткое время здесь был построен большой комплекс зданий – каменные строения монастыря, Успенская соборная часовня, купальня-крестильня на Хапиловском пруду, кладбище. Предводителем общины и основателем Преображенского кладбища был московский купец Илья Алексеевич Ковылин (1731–1809).
После присоединения к единоверию в 1865 г. части раскольников на Преображенском кладбище 16 мая 1866 г. был учрежден Никольский единоверческий монастырь. Старообрядцы были выселены в находившийся рядом так называемый Преображенский богадельный дом. Никольский монастырь стал центром распространения единоверия в России. В нем сохранялась очень богатая библиотека древних рукописей, собранная федосеевцами, и большое количество древних икон бесценной исторической и художественной значимости. Например, созданные преподобным Андреем Рублевым.
Комплекс зданий бывшей старообрядческой общины был построен в начале XIX века архитектором Ф.К. Соколовым. В двухэтажном здании над воротами, на месте старообрядческой моленной (молельни) в 1856 г. освятили теплую пятиглавую церковь Воздвижения Креста Господня. Здание церкви было построено в 1805 г. В храме сохранялись древние иконы, принадлежавшие до этого старообрядцам. Рядом с храмом размещалась «Хлудовская» библиотека монастыря, названная так по имени собирателя и дарителя купца А.И. Хлудова, которой могли пользоваться все желающие. Нижний этаж здания занимало начальное народное училище для мальчиков, открытое в 1855 г.