В 1480 году, еще в августе, войско Ливонского ордена осадило Псков. Жители города в отчаянной атаке нанесли налетчикам серьезный ущерб, деморализовали их. Той же ночью военачальник ливонцев Бернгард увел своих людей домой. Псковичи, боясь повторного нападения сильного врага, обратились за помощью к братьям великого князя Андрею и Борису, но те отказали им, да еще и разграбили, пожгли несколько селений. Магистр Ливонского ордена распустил свои войска, уверенный, что у Ивана, отвлеченного ханом Ахматом и Казимиром, и без ливонцев дел много. Он грубо просчитался в тот раз. Бескровная война против ордынцев на Угре сохранила в полной боевой готовности войско великого князя, и в феврале 1481 года он отправил двадцатитысячную рать во главе с князьями Иваном Булгаком и Ярославом Оболенским на Ливонию. В Пскове к нему присоединились новгородские полки, возглавляемые князем Василием Федоровичем и боярином Иваном Зиновьевичем. Результат этого похода для Ливонского ордена был плачевным: русские практически без боя взяли многие города в Ливонии и с огромной добычей вернулись домой. В 1483 году между послами магистра и великого князя было заключено перемирие на 20 лет.
Периодически накалялись отношения между Литвой и Русью. Иван охотно шел на переговоры, но предъявлял жесткое условие: вернуть русским земли, захваченные при Витовте. Литовцы добровольно отдавать награбленное не собирались, требуя от Ивана Великие Луки и Новгород. Но воевать некоторое время ни та, ни другая сторона не хотели, надеялись с помощью сильных союзников нанести врагу поражение.
Союзниками тех и других могли стать хан Крыма Менгли-Гирей, король Венгрии Матфей Корвин, а также другие ближние соседи Литвы и Руси. Богатыми дарами и обещаниями драться с Ордой, ненавистной крымскому хану, Иван III сумел, образно говоря, надолго пристегнуть к себе Менгли-Гирея. Долгие годы тот был верным его союзником, хотя иной раз и выходил из повиновения. Отношения с королем Венгрии были путаными, ярко выраженной ненависти к Орде у короля не было, хотя он и был заинтересован в сближении с Русью, мечтал с ее помощью отвоевать богатые земли у Польши. Но особой активности венгры не проявляли. Еще одним союзником Ивана III стал с 1457 года господарь Молдавии Стефан III Великий, знаменитый тем, что одержал несколько побед над венграми, поляками, турками, и хотя в 1476 году, проиграв войну Турции, признал зависимость Молдавии от Турецкой империи, все еще оставался сильным и влиятельным монархом, очень опасным для любого противника полководцем. Великий князь всея Руси и господарь Молдавии, в одинаковой степени заинтересованные в союзе, скрепили его брачными узами: дочь Стефана, Елена, была отдана за Ивана Молодого, старшего сына Ивана III.
Укрепляя единодержавные позиции в стране, великий князь в 1485 году силой окончательно покорил Тверь. Почуяв опасность, князья Ярославля отдали миром свои земли Ивану III Васильевичу.
В апреле 1487 года войско великого князя взяло Казань. Иван III поставил там нового хана — Махмет-Аминя, повелел передушить его противников, князей и казанских уланов, бывшего хана Алегама с женой сослать в Вологду, а его мать и сестер — на Белоозеро.
В том же году он нанес очередной удар по уже покоренному, но еще способному восстановить свое могущество Новгороду, который перестал быть господином своей судьбы, но оставался при этом Великим. Ивану III доложили о заговоре против наместника Москвы Якова Захарьевича, и великий князь приказал схватить заговорщиков. Много людей пострадало в тот год. Слуги Ивана кому-то отрубили головы, кого-то повесили. А семь тысяч человек вывезли из Новгорода. На следующий год из города вывезли и поселили в Нижнем Новгороде еще тысячу человек. Более восьми тысяч знатных купцов были признаны виновными в заговоре против наместника царя! Это слишком много для заговора. Убить Якова Захарьевича могли бы и несколько человек. То был не заговор, то было непокорство Новгорода Москве. Впрочем, Ивану III разбираться в подобных мелочах было некогда. Новгород, расположенный на торговой вилке, в устье двух торговых потоков Восточной Европы, мог в любую минуту воскреснуть, ожить. И против этого великий князь ничего не имел. Он лишь не хотел, чтобы воскрес Господин Великий Новгород. Никаких великих господ в стране быть не должно: об этом знает любой уважающий себя самодержец, даже очень сильный, а тем более слабый. Иван III Васильевич еще не раз обратит свой взор в сторону Новгорода.
В 1489 году центральная власть окончательно покорила Вятку. Самые яростные приверженцы старых республиканских обычаев из местных были казнены, богатые и знатные жители Вятки расселены в Боровске, Алексине, Кременце, а торговые люди — в Дмитрове. Их место на родине заняли законопослушные обитатели Московской земли.