Однако Шемяке оставалось недолго править в столице: уже в следующем 1447 г. он должен был вновь оставить ее. При этом Василий II в церковной среде с самого начала нашел поддержку собственной борьбе. Игумен Кирилло-Белозерского монастыря Трифон принял на себя грех нарушения крестного целования, данного незадолго до того в Угличе, сняв тем самым клятву с Василия [ПСРЛ, т. XXIII: 153]. Однако и Шемяка не думал покоряться брату, и вновь церковь выступила на стороне его противников. В декабре 1447 г. было выпушено послание русских иерархов к Шемяке с призывом подчиниться Василию, угрожавшее в случае отказа анафемой [АИ: 75–83]. Под этом документом стояла и подпись Ионы, но пока, опять же, лишь как епископа Рязанского.
И все же чем больше времени проходило с момента бегства Исидора, тем более очевидна становилась абсурдность ситуации, когда на Руси не было своего митрополита. Посольства в Константинополь смысла не имели, так как там продолжали считать законным митрополитом именно Исидора, а в Москве его кандидатура была неприемлема. Выход был один: выбирать первоиерарха на соборе местных архиереев.
Епископы собрались в Архангельском соборе Кремля. Итогом стало избрание именно Ионы, тем более что необходимые канонические основания для этого, безусловно, имелись. Наконец, 15 декабря 1448 г. в Успенском соборе состоялось и само поставление [ПСРЛ, т. XII: 74]. Так был окончен период в несколько веков, на протяжении которого митрополиты на Русь приходили из Константинополя. Для того чтобы этот порядок был изменен, должны были возникнуть определенные предпосылки. К середине XV в. они возникли: с одной стороны, ослабла Византия, с другой – усилились русские земли, окрепла и власть великого князя московского.
Нужно сказать, что поставление это было не всеми принято даже в пределах власти русских князей. Как и в прежние времена, резкое урезание прав патриарха казалось кое-кому недопустимой «новиной». Так, не сразу признал Иону митрополитом Пафнутий Боровский, и только после наложенного на него наказания смирился и принял благословение от Ионы.
Изменилось со временем отношение к Ионе и в Константинополе. Столица восточного христианства пала под ударами турок 29 мая 1453 г., и это сделало признание поставленного на Руси митрополита более простым делом. Во-первых, патриархом стал противник объединения с Западом Геннадий, во-вторых, Константинополь теперь как никогда нуждался в материальных средствах и на Русь все чаще приезжали послы патриарха.
Поставление Ионы не означало немедленного разделения в отношении церковного управления русских земель, находившихся под властью Польши, Литвы и Москвы. Перед тем как пойти на созыв собора 1448 г., великий князь провел консультации с великим князем Литовским и королем Польши Казимиром. А в 1451 г. Иона и сам посетил Вильно (имеется косвенное, но достаточно твердое известие и о других визитах первоиерарха в Литву [Голубинский 1997в: 492, 499].
Тем временем не утихала борьба Василия II с Дмитрием Юрьевичем. И великий князь постоянно чувствовал за собою поддержку церкви: митрополит Иона посылал к сторонникам Шемяки увещевательные грамоты, а его самого отлучил от церкви [АИ: 86–92, 101–103]. Но и эти меры не приносили решающего успеха: интердикты подобного рода не имели уже прежнего веса, ибо достаточно ясна была их политическая подоплека. Конфликт внутри Московского великокняжеского дома окончился лишь со смертью Шемяки в 1453 г. в Новгороде и с приведением под власть великого князя Волховской столицы после заключения Яжелбицкого мира 1456 г.
Важным мероприятием внутрицерковной жизни, относящимся ко времени Ионы, стало прославление в лике святых митрополита Алексея. Еще в 1431 г. во время строительства новой церкви в Чудовом монастыре обретены были мощи святителя, оказавшиеся нетленными. Но только при митрополите Ионе произошло прославление этого святого. Установление памяти Алексею, проводившему последовательно промосковский курс, означало окончательное закрепление за Москвой статуса церковного центра Руси. Впрочем, оспаривать такое положение столицы теперь возможно было только извне.
Новой трудностью, которая вдруг встала перед митрополитом Ионой, оказалось поставление в 1458 г. в Риме на те земли, которые находились под властью Казимира, митрополита Литовского Григория – того самого ученика Исидора, с которым они вместе бежали когда-то из Москвы. Не принять его Казимир не мог, не было выбора и у епископов, живших в Литве и Польше. Таким образом, митрополия оказалась разделенной. Более того, вскоре из Литвы к великому князю пришло послание, в котором предлагалось принять вместо преклонного летами Ионы Григория как митрополита всея Руси.