Митрофану, как и его предшественнику на кафедре, придется достаточно активно участвовать в политической жизни. В 1229 г. на Руси чуть было не разгорелась новая усобица, которая могла стать еще более жестокой, чем предыдущее противостояние Всеволодовичей. До Ярослава Всеволодовича Переяславского вдруг дошла весть о том, что его старший брат и великий князь Юрий замышляет в отношении него нечто недоброе. Те же опасения разделяли и княжившие в Ростовской земле три их племянника – сыновья старшего сына Всеволода Большое Гнездо Константина: «Того же лета Ярославъ оусумнеся брата своего Юргя, слушая некыихъ льсти. И отлучи от Юргя Костянтиновичи 3 (троих. –
В тот же день, когда проходил «снем», то есть 7 сентября 1229 г., состоялся и суд над бывшим епископом Ростовским Кириллом, незадолго до того удалившимся по болезни в один из монастырей Суздаля. Роль третейского судьи была поручена Ярославу. Что ставилось в вину ушедшему на покой архиерею, нам неизвестно. Летопись сообщает лишь то, что он был обвинен «некакою тяжею», и о конкретном значении этой туманной формулировки остается только гадать. Впрочем, вполне логично сделать вывод, что именно от Кирилла исходили слухи о кознях великого князя Юрия, направленных против своей «братии», и что за распространение необоснованных предположений архиерей и поплатился. В пользу такой версии свидетельствует и то, что Ростовские князья были как раз среди тех, кто опасался измены от великого князя. После этого они, разумеется, не могли выступать в роли объективных судей, не мог этого сделать и Юрий, так как именно против него в первую очередь была направлена «лесть». Оставался Ярослав. Ему-то и был поручен «арбитраж».
Приговор Ярослава был суровым. Кирилл, считавшийся одним из самых богатых архиереев, полностью лишился своего имущества. Однако принял он это наказание со смирением Иова и решил постричься в схиму [ПСРЛ, т. I: стб. 452].
В следующем году по просьбе Константиновичей Митрофан отпустит на Ростовскую кафедру архимандрита Владимирского Рождественского монастыря, также носившего имя Кирилл [ПСРЛ, т. I: стб. 453]. Обратим внимание, что новый архиерей Ростова был выходцем из той же обители, в которой подвизались Симон и Митрофан Владимирские.
Не забывал Митрофан и о собственно внутрицерковных делах. В 1230 г. он в торжественной обстановке встречал тело убитого за год до этого в Волжской Булгарии за исповедание христианства «новаго мученика Христова» Авраамия. Святого предали земле в Княгинином монастыре Владимира [ПСРЛ, т. I: стб. 452–453]. В том же году «потщаныем священного епископа Митрофана» начата была роспись церковь Богородицы в Суздале [ПСРЛ, т. I: стб. 455].