В Василеостровской части каменные здания строились вдоль набережной Невы. В конце XVIII в. большинство из них занимали государственные учреждения, так, например, в бывшем дворце Меншикова находился Шляхетский сухопутный кадетский корпус. В западной, лесистой части острова располагались сальный и масляный буян (пристани, для разгрузки соответствующих товаров) и несколько кожевенных заводов. Там же была Галерная гавань, рядом с которой построили слободу, где жили матросы и беднейший люд. Галеры здесь строились и спускались на воду еще во времена Екатерины и даже Павла, а еще канонерские лодки, шнявы (небольшие парусные торговые или военные суда) и прочее. Жизнь здесь была дешевой, но очень неблагоустроенной. На острове, в его северо-восточной части, также сохранилась чухонская деревня — «около 20 обыкновенных чухонских избушек».
На другом берегу реки находилась Санкт-Петербургская сторона, которую Петр I первоначально планировал сделать центром города. К концу XVIII в. здесь остались только деревянные лавки на месте бывшего порта, переведенного на Стрелку Васильевского острова, и домик Петра Великого, помещенный в каменный футляр. Вдоль речки Петровки (Ждановки) располагались также деревянные здания Артиллерийского и инженерного кадетского корпуса, на реке Карповке находился Аптекарский огород. Большая часть Санкт-Петербургского острова вплоть до конца XIX в. была застроена деревянными домами, где жили небогатые отставные чиновники, купцы, мещане. На набережной Малой Невки, а также на Каменном и Елагином островах строились загородные дома аристократов.
В последней по счету Выборгской части была всего одна замощенная улица, идущая вдоль берега, здесь все еще много загородных домов с садами. Среди них летний дворец графа Безбородко, дома и сады Бакунина, Синявина и Собакина. Ниже по течению Невки начинался промышленный район: канатная фабрика, Артиллерийская лаборатория, Городская верфь, где строились торговые суда, казенная пивоварня, сахарная и ситцевая фабрики. В районе Черной речки набережная снова становилась фешенебельной, здесь находилась дача графа Строганова, построенная Андреем Воронихиным. Ее окружал прекрасный сад, часть которого была общедоступной, по воскресеньям там устраивали музыкальные концерты и танцы. У места впадения Черной речки в Большую Невку находилась деревянная дача князя Голицына, также с большим садом.
Как мы видим, город все больше становился не только военным, не только портовым, не только городом моряков и кораблестроителей, но также промышленным, торговым и административным центром. Главный порт города по-прежнему размещался на Стрелке Васильевского острова. В 1767 г. Комиссия городских строений утвердила план застройки Стрелки. За шесть лет, с 1783 по 1789 г., по проекту Джакомо Кваренги на берегу Большой Невы построено главное здание Академии наук, а также вогнутая часть северного пакгауза. Кваренги же составил первый проект Биржи, однако позже решили, что зданию не достает роскоши и размаха, и строительство приостановили. Возобновится оно только после смерти Екатерины и Павла, при Александре I, а главным архитектором станет француз Тома де Томон. Именно он создаст тот ансамбль здания Биржи и Ростральных колонн, который является одним из символов Петербурга.
На многих гравюрах XVIII в. можно увидеть военные линейные корабли, торговые суда, тяжело нагруженные плоты и баржи и маленькие лодки. Движение по Неве и ее притокам становилось все более оживленным, и в 1778 г. Екатерина предложила учредить должность капитана Санкт-Петербургского порта, который должен был руководить всем движением на реке, однако этот проект так и не утвердили. Устье Невы изобиловало мелями, поэтому суда из Англии, Германии, Швеции, Дании, Франции и др., как правило, приходили в Кронштадт, и там товары перегружали на плоскодонные баржи и галеры, для которых на югозападной оконечности Васильевского острова построили новую гавань. Из Кронштадта же уходили в европейские порты русские корабли.
По заказу Екатерины в 1778 г. французский инженер-мостостроитель Жан Родольф Перроне разработал проект постоянного семипролетного моста через Неву со средним разводным пролетом, который должен был подниматься с помощью механизмов, находившихся в четырех башнях, имевших вид триумфальных ворот. Башни планировалось украсить барельефами с изображениями победных баталий русской армии, а их вершины — композициями из воинских атрибутов. Но в силу ряда обстоятельств в 1791 г. от постройки моста отказались. Главной причиной стало несоответствие длины моста в районе наведения ширине Невы, кроме того, строительство моста сильно затруднило бы судоходство по Неве. А город был еще не готов отказаться от этой транспортной артерии.