Следующая смерть произошла в самом Нюрнберге. Молодой прокурор Н. Д. Зоря, помощник главного советского обвинителя, после знакомства с материалами «катынского дела» обратился к начальству с просьбой срочно откомандировать его в Москву для доклада Вышинскому. Прокурор Зоря и раньше проявил себя как неумеренно честный юрист, способный на нестандартные поступки (в 1939 г. он был разжалован до рядового после того, как выявил во время прокурорской проверки факты фальсификации дел). До Москвы Н. Д. Зоря не доехал, так как на свой рапорт он получил отказ и на следующий день, 23 мая 1946 г., был найден мертвым. Официальная причина смерти — несчастный случай при чистке личного оружия.
Вопрос о Катыни рассматривался Нюрнбергским трибуналом 1–3 июля 1946 г. В ходе допроса свидетелей и экспертов было установлено, что Ф. Аренс, которого советская сторона пыталась представить в качестве командира немецкой части, расстрелявшей польских офицеров, командовал 537-м полком связи и вместе со своими подчиненными появился в районе Катыни значительно позже предполагаемого времени совершения преступления. Никаких аргументов, подтверждающих версию о том, что подразделение немецких связистов занималось массовыми расстрелами, предъявлено не было. Подготовленный в НКВД «свидетель обвинения» Базилевский (заместитель бургомистра Смоленска во время немецкой оккупации) с трудом прочитал по бумажке свои показания. Из его ответов на вопросы защиты выяснилось, что на месте расстрела он не был и не мог назвать ни одного свидетеля расстрела. Болгарский врач профессор Марков (участник международной комиссии экспертов, работавшей в Катыни в конце апреля 1943 г.), несмотря на то, что в «освобожденной» Болгарии ему уже пришлось оказаться на скамье подсудимых за свое участие в «подлой фашистской провокации», перед лицом Нюрнбергского трибунала еще раз повторил свой вывод о том, что особенности и скорость протекания трупного распада в массовом захоронении не исследованы наукой в такой степени, которая позволяла бы установить время гибели жертв с требуемой в данном деле точностью. Отвечая на вопросы защиты, Марков подтвердил, что на трупах была теплая одежда…
В конце концов, советскому прокурору Руденко пришлось приложить усилия к тому, чтобы прекратить обсуждение «катынского вопроса». Т. Ступникова, участвовавшая в работе трибунала в скромной роли синхронного переводчика, в своих воспоминаниях пишет:
Нюрнбергский трибунал в своем приговоре не вменил в вину немцам расстрел польских военнопленных в Катыни. Это решение советским обвинением не оспаривалось, протест (в отличие от многих других ситуаций) не вносился. Что, впрочем, не помешало Большой Советской энциклопедии в статье «Катынский расстрел» без зазрения совести (если только использование этого слова здесь вообще уместно) сообщить читателям о том, что