После начала Второй чеченской войны Русская Православная Церковь в лице своего предстоятеля также подчеркнула отсутствие религиозных мотивов в новом конфликте и начала переговоры с муфтием Ахмадом Кадыровым, затем возглавившим новую администрацию Чечни. В августе 2000 г. Кадыров в составе делегации духовных лидеров СНГ выехал в Нью-Йорк для участия во Всемирном форуме религиозных и духовных лидеров в ООН, а в ноябре 2000 он встретился с патриархом Алексием II, обсудив вопросы урегулирования ситуации в Чечне21
.Самым же резонансным примером совместных миротворческих усилий стала поездка православно-мусульманской делегации в предвоенный Багдад. В начале 2003 г. самой волнующей темой для российских мусульман стала ситуация вокруг Ирака. Планы США и их союзников по свержению режима Саддама Хуссейна были единодушно осуждены всеми мусульманскими центрами, которые заявляли о своей солидарности с многострадальным иракским народом. По мере нагнетания обстановки эти заявления становились все более резким, пока, наконец,
15 февраля 2003 г. в Махачкале не прошел многотысячный антивоенный митинг, участники которого выразили готовность с оружием в руках сражаться за свободу Ирака22
.На фоне волны антизападных настроений особую активность проявило ЦДУМ, предложившее направить в Багдад с миссией мира межрелигиозную делегацию. Эта удачная идея получила одобрение Русской Православной Церкви, и 17 марта христианско-мусульманская делегация вылетела в столицу Ирака. Со стороны ЦДУМ в нее вошли верховный муфтий Талгат Таджуддин, муфтий Пермской области Мухаммедгали Хузин, муфтий Ростовской области Джагофар Бикмаев, муфтий Москвы и Московской области Махмуд Велитов, муфтий Молдавии Альбэр Бабаев и муфтий Белоруссии Исмаил Воронович. Православную часть делегации возглавил епископ Магаданский и Синегорский Феофан23
.Начиная с 1990 г. сотрудничество между Русской Православной Церковью и ведущими центрами других традиционных религий стало приобретать регулярный характер. В 1991 г. в ходе консультаций было принято принципиальное решение создать постоянно действующий межрелигиозный орган, однако начавшийся раскол российской уммы не позволил реализовать эту инициативу.
В течение последующих лет православная сторона, выступавшая главным инициатором создания Межрелигиозного совета России, терпеливо ждала, когда ситуация в российском исламе, наконец, нормализуется. После семи лет ожидания было принято решение воспроизвести в Межрелигиозном совете России схему президентского Совета по взаимодействию с религиозными объединениями и пригласить в него сразу двух мусульманских лидеров: верховного муфтия Талгата Таджуддина и муфтия Равиля Гайнутдина. Действительно, существовала вполне оправданная надежда, что два уважаемых духовных лидера не будут переносить свою вражду в сферу межрелигиозного диалога и смогут принимать совместные решения.
«К сожалению, в последние годы отношения Русской Православной Церкви с нехристианскими религиозными организациями в России и странах СНГ претерпели определенные осложнения. Это связано в первую очередь с серьезными изменениями в структурах и руководстве организаций традиционных религий. Осмысление своего опыта и состояния, резкие разномыслия внутри религиозных структур, открывшиеся новые возможности привели к разделениям существующих десятилетиями организаций нехристианских религий, прежде всего мусульманских, к образованию многочисленных новых организаций, к изменениям в их программах. Следует сказать о второй, не менее важной, причине, осложняющей современные межрелигиозные отношения — появление большого числа новых религиозных движений, течений и толков. Их деятельность далеко не всегда безобидна. В то же время отрадно, что, несмотря на упомянутые трудности, сопровождающие наши отношения с нехристианскими религиями в странах, составлявших прежде Советский Союз, продолжает сохранять силу уже накопленный нами потенциал дружбы и сотрудничества, который, мы верим, в состоянии выдержать это противостояние», — отмечал в 1994 г. будущий Патриарх Московский и всея Руси Кирилл24
.С 1997 г. Русская Православная Церковь по итогам визита председателя Отдела внешних церковных сношений митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла начала вести диалог в теоретической, богословской форме с иранским шиитским духовенством, выступив соучредителем совместной богословской комиссии по диалогу «Ислам-Православие», заседания которой стали проходить раз в два года поочередно в Москве и Тегеране. Вопрос о создании аналогичного постоянно действующего органа по диалогу с российскими нехристианами становился для православных все более актуальным25
.