23 декабря 1998 г. в Москве по инициативе Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата состоялось учредительное заседание Межрелигиозного совета России (МСР), на котором были выбраны пять членов его президиума: митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, верховный муфтий Талгат Таджуддин, муфтий Равиль Гайнутдин, главный раввин России Адольф Шаевич и глава Буддийской традиционной сангхи России пандито хамбо-лама Дамба Аюшев.
Заседания МСР стали проводиться в среднем три раза в год, а деятельность новой межрелигиозной структуры свелась преимущественно к реагированию на злободневные политические и макроэкономические события, осуждение актов терроризма и экстремизма, выступление с законодательными инициативами, позволяющими повысить духовность обществ и упросить функционирование религиозных институтов.
Первое заявление МСР, датируемое 25 марта 1999 г., было посвящено осуждению варварских бомбардировок союзной Республики Югославия силами Североатлантического альянca26
. С этого момента консолидированная позиция лидеров традиционных религий России стала систематически звучать в средствах массовой информации. Особенно часто МСР реагировал на террористические атаки, не просто призывая сохранять мир между религиями, но и прямо рекомендуя уничтожать террористов, причем лучше всего — превентивно. «Не надо бояться предавать справедливости террористов и их пособников, а если надо — то и уничтожить их, кем бы они ни были, где бы ни находились и какими бы лозунгами ни прикрывались. Мы настаиваем на том, что они стоят вне всякой религии и служат сатане, мечтая ввергнуть человечество в пучину отчаяния и захватить власть над миром», — говорилось в заявлении МСР по событиям в Беслане27.Особое внимание МСР уделял вопросам практической помощи религиозным организациям. После активной переписки с Федеральной энергетической комиссией и правительством
Москвы была достигнута договоренность о значительном снижении тарифов по оплате тепла и электроэнергии для всех религиозных организаций28
. Кроме того, члены МСР направили ряд писем в Министерство образования РФ с просьбами признать образовательный стандарт по теологии и упорядочить преподавание религий в средней школе29.4 июля 2001 г. МСР стал афиллированным членом Всемирной конференции религий за мир, а члены его президиума впоследствии вошли в действующий под ее эгидой Европейский совет религиозных лидеров30
. 25 декабря 2001 г. в МСР вступили две новых организации — Координационный центр мусульман Северного Кавказа и Федерация еврейских общин России, а к 2005 году он открыл свои отделения в Пермском и Красноярском крае, Калмыкии и Карачаево-Черкесии31.В 2000 г. МСР провел первый в постсоветской России меж- религиозный саммит — I Межрелигиозный миротворческий форум (13-14 ноября 2000 г.), собравший более 100 духовных лидеров России и стран СНГ. В марте 2004 г. под эгидой МСР в Москве прошел II Межрелигиозный миротворческий форум (2-4 марта 2004 г.), участники приняли решение учредить Межрелигиозный совет СНГ. В новый Межрелигиозный совет, почетными сопредседателями которого стали Патриарх Московский и всея Руси Алексий II и глава Высшего религиозного совета народов Кавказа шейх-уль-ислам Аллахшукюр Паша-заде, вошли главы религиозных общин всех стран СНГ, кроме Туркменистана — всего около 30 человек. Председателем исполнительного комитета Межрелигиозного совета СНГ был избран митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл32
. В 2006 г. МСР совместно с Межрелигиозным советом СНГ провел в Москве крупнейший межрелигиозный саммит за всю историю России — Всемирный саммит духовных лидеров (3-5 июля 2006 г.), приуроченный ко встрече «Большой восьмерки» в Санкт-Петербурге'”.Пик активности Межрелигиозного совета России пришелся на 2004 г. В январе этого года заслуги ведущей межрелигиозной организации страны отметил в своем письме президент России В.В.Путин, а затем прозвучала самая резонансная инициатива МСР — предложение ввести новый государственный праздник — День народного единства, символизирующий окончание Смутного времени XVII в. Российская власть одобрила это предложение, и календарь праздничных дней пополнился 4 ноября, заменившим морально устаревший коммунистический праздник 7 ноября. Несмотря на то, что ряд мусульманских центров протестовали против этой даты, указывая, что 4 ноября традиционно отмечается церковный праздник Казанской иконы Божией Матери, большая часть мусульман ничего обидного для себя в этом не усмотрела34
.В 2009 г. новый патриарх Московский и всея Руси Кирилл выступил с инициативой создать консультативную группу по межрелигиозному диалогу при ЮНЕСКО, которая была образована 22 июля на первом заседании Группы религиозных лидеров высокого уровня. От мусульман СНГ в новую межрелигиозную организацию по инициативе патриарха был приглашен глава мусульман Закавказья шейх-уль-ислам Аллахшукюр Паша-заде35
.