Конечно, отношения мусульманского меньшинства с властями и православной общиной были далеко не безоблачными. Ухудшение отношения к исламу, ставшее особенно заметным в годы правления царей Ивана Грозного и Федора Иоанновича, было вызвано, по всей видимости, падением Византийской империи и появлением у Москвы нового опасного соперника в лице быстро усиливающейся Османской империи. То обстоятельство, что окружавшие Российское Государство — Крымское, Казанское и Астраханское ханство стали сателлитами Стамбула и все чаще вели войны под знаменем ислама, не улучшало отношения к этой религии.
Российский ислам стал видится многим православным управляемой извне и враждебной силой, тем более, что многие проживающие в России мусульмане по традиции считали своим духовным главой турецкого султана. Касимовское ханство постепенно христианизировалось, равно как покрестились и многие дружественные Москве татарские мурзы, что привело к резкому сокращению числа «дружественных» мусульман, создававших положительный образ своей религии в глазах конфессионального большинства.
Между тем Россия уже выбрала исторический путь империи, что подразумевало проживание в ее пределах людей разных национальностей и вероисповеданий. Насильственная гомогенизация населения виделась ее властям делом малополезным, хотя многие региональные чиновники имели особый взгляд на эту проблему, что нередко и приводило к волнениям нетитульных народов. Тем не менее военная и государственная служба для российских граждан исламской веры никогда не были закрыты, и отличившийся на них выходец из мусульманской среды объективно повышал доверие ко всем своим единоверцам. Это обстоятельство выгодно отличало российских мусульман от христиан Османской империи, которые принципиально не имели такой возможности.
После ряда стратегических побед над Турцией в XVIII в. Россия решила смягчить свою политику по отношению к мусульманам, которые вели себя вполне лояльно и уже в меньшей степени тяготели к терпящему поражение за поражением Стамбулу. Для установления нормальных отношений с исламским сообществом требовалось определить его полномочных представителей, которыми были выбраны авторитетные и адекватные духовные лидеры. Их иерархия была легализована и упорядочена Екатериной II через издание указов о создании Оренбургского магометанского духовного собрания и Таврического магометанского духовного правления, чье руководство получило государственное довольствие и большие привилегии. С этого момента духовное руководство российскими мусульманами официально перешло от турецкого султана к назначаемым властями муфтиям и шейх-уль-исламам, которые имели свободу вероисповедания при условии полной лояльности властям и непричинении ущерба Православной Церкви.
Предложенная Екатериной II схема государственно-исламских отношений показала свою эффективность и жизнеспособность, а последующие самодержцы смогли дополнительно улучшить ее с учетом меняющейся политической конъюнктуры. Кардинальное улучшение отношения к исламу было обусловлено в первую очередь военной службой носителей этой религии, которая получала самую высокую оценку. Представители знатных мусульманских родов столь же легко, как и православные, могли занимать высшие командные должности, и занимали их, благодаря чему в армии насчитывались десятки генералов и полковников мусульманского вероисповедания.
Межнациональный и межрелигиозный мир, царивший в Российской Империи, вызывал изумление у современников, и причиной ему было правильно ориентированное имперское сознание властей, которые защищали интересы религиозного большинства не в ущерб интересам меньшинств.
К 1917 г. большинство проблем во взаимоотношениях между исламским сообществом и властями было снято, хотя не все мусульмане испытывали от этого восторг — предреволюционный период привел к возникновению в исламской среде общественных и политических течений, лидеры которых предъявили свои права на лидерство в умме. С этого момента в российском исламском сообществе начался внутренний раскол, который до сих пор является одной из главных его проблем. Основной причиной такого раскола стало деструктивное внешнее влияние, которое в одних своих формах склоняло мусульман на путь панисламизма и пантюркизма, а в других призывало их становиться на позиции воинствующего секуляризма.