Боевое использование подводных лодок не было организовано. Лишь 1 января 1905 г. организовали Отдельный отряд миноносцев, командование, командование которым возложили на одного из командиров подводной лодки лейтенанта А. В. Плотто (пл «Касатка»). Новое соединение вошло в состав Отряда крейсеров, базирующихся на Владивосток. 29 января 1905 г. на крейсере «Громобой состоялось совещание с целью выяснения состояния лодок и степени готовности их к боевым действиям. На этом совещании были разработаны планы двух вариантов использования подлодок. Характерно, что эти планы предусматривали использование лодок для наступательных операций. Уже в июне-июле 1905 г. 8 подлодок закончили практическую подготовку личного состава и начали нести дозорную службу у островов Русский и Аскольд, оставаясь там сутками. По мере накопления опыта и тренировки личного состава выходили и в отдалённые районы. Об этом стало известно японцам, что отразилось на моральном состоянии их моряков. Об этом хорошо скаал В. Пикуль в романе «Крейсера»:
К концу лета 1905 г. во Владивостоке оказалось 13 подлодок. Качества этих лодок не отвечали условиям дальневосточного театра военных действий. Общим их недостатком была малая дальность плавания, и Морской Технический комитет относил их к разряду лодок прибрежного действия. Но несмотря на это их присутствие внесло большой моральный фактор в войну.
По мнению многих морских специалистов и военно- морских историков, подводныеи лодки не только спасли Владивосток от прямого нападения эскадры Камимуры, а после Цусимы, и от всей мощи флота адмирала Того, они заставили задуматься о значении нового морского оружия весь мир.
В России дальневосточный опыт использования подводных лодок осмыслили не сразу. После длительных дискуссий, перепалок между сторонниками надводных кораблей и подводных лодок, пришли к выводу, результатом чего и явился Императорский Указ от 6 марта 1906 г.
Опыт прошлого строительства и боевого использования подводных лодок показал основное – необходимость подготовки специальных кадров для нового вида морского оружия. 8 февраля 1906 г. на рассмотрение Государственного Совета был вынесен проект организации Учебного отряда подводного плавания. Инициатором в этой области был капитан 1 ранга Эдуард Николаевич Щенснович, впоследствии вице-адмирал, бывший командир броненосца «Ретвизан», участник войны с Японией. По специальному докладу Щенсновича о необходимости подготовки кадров подводников была назначена комиссия, которая следующим образом сформулировала своё мнение по этому вопросу: «
29 мая было утверждено «Положение об Учебном Отряде подводного плавания». Отряд был создан в Либаве и командиром его был назначен контр-адмирал Щенснович. На первых парах после оформления в Отряде никаких теоретических занятий не было; обучение проводилось исключительно практически на лодках. Целью занятий явилось: «
Кадры для подготовки специалистов-подводников черпались из числа офицеров и команд лодок, вошедших в состав Отряда и уже имевших опыт подводного плавания. Служившие ранее на подлодках офицеры были подвергнуты в 1907 г. специальным экзаменам. Особым циркуляром Главного Морского штаба 68 офицерам, выдержавшим экзамены, было присвоено звание «офицер подводного плавания».