Первые пункты манифеста затрагивали и Церковь. Община должна иметь право назначать и снимать служителя, который обязан "проповедовать Святое Евангелие, ничего не добавляя от себя". Такая формулировка полностью согласовывалась со взглядами Лютера. Община должна выплачивать служителю скромное содержание из так называемой большой десятины, взимаемой с произведенной продукции. Остальная сумма предназначалась для помощи бедным и выплаты чрезвычайного налога в случае войны. Так называемая малая десятина, взимаемая со скота, должна быть упразднена, "ибо Господь Бог сотворил скот для того, чтобы люди бесплатно пользовались им". Основные пункты отражали известную старую аграрную программу об общем пользовании полями, лесами и водами. Земледелец должен иметь право свободно охотиться, ловить рыбу и защищать свои земли от диких зверей. По соответствующему разрешению он имел право рубить лес, заготавливая древесину для строительства и на дрова. Удушающие налоги, ввергавшие в нищету вдову и сироту, у которых отнималась лучшая одежда или лучшая корова, должны быть упразднены. Рента подлежит пересмотру в зависимости от урожайности земли. Новые законы не должны отменять старые, а общинные луга не должны переходить в частное владение. Единственным пунктом, выходившим за рамки старых требований, был призыв полностью упразднить крепостничество. Землевладение должно основываться на аренде с заранее оговоренными условиями. Если господин желает дать работу, выходящую за рамки соглашения, эта работа должна выполняться за соответствующую плату. "Двенадцать статей" допускали, что любое требование, которое не согласуется со Словом Божьим, должно быть аннулировано. В целом программа была консервативна и выдержана в духе старого феодального экономического уклада. Интересно отметить, что она не содержала нападок на правящую власть.
Лютеру нравилась общая евангелическая направленность положений манифеста, но, обращаясь к крестьянам, он выразил сомнение в разумности большинства их требований. Что касается права общины выбирать себе служителя, то это зависит от того, будет ли она платить ему. Даже если община платит служителю, но князь не согласен с ее выбором, крестьянам лучше не бунтовать, а переселиться в другое место. Упразднение десятины - открытый грабеж, а отмена крепостничества превращает христианскую свободу в понятие плотское. Раскритиковав подобным образом программу, Лютер затем рассмотрел те средства, которые используются для ее реализации. Ни при каких обстоятельствах не должен обычный человек поднимать меч ради себя. Если каждый человек присвоит себе право вершить справедливость собственными руками, то не будет "ни авторитета, ни власти, ни порядка, ни земли, но одно лишь убийство и кровопролитие". Но это говорится вовсе не с намерением оправдать те вопиющие несправедливости, которые творят власть предержащие. К князьям Лютер обратился с призывом, оправдывая значительно большее число требований крестьян, чем он это сделал, обращаясь к самим крестьянам. При выборе служителя следует проявить уважение к воле общины. Требования крестьян об исправлении допущенных по отношению к ним злоупотреблений оправданы и справедливы. Князьям некого винить за вспыхнувшие беспорядки, кроме себя, поскольку они лишь предавались пышным забавам и при этом грабили своих подданных, сдирая с них последнюю шкуру. Истинное решение мог вынести лишь гражданский суд.
Но ни одна из сторон не была расположена к этому, и предсказание Лютера о том, что все это принесет с собой лишь убийство и кровопролитие, исполнилось с избыточной щедростью. Лютер давно уже заявил, что не окажет никакой поддержки вооруженным частным гражданам, сколь бы справедливым ни было их дело, поскольку подобные средства неминуемо влекут за собой беды для невинных. Он не мог предвидеть, что разразится настоящая революция. Да и трудно представить себе, как такое могло случиться в XVI веке, поскольку ни убеждением, ни силой в то время еще невозможно было сплотить людей воедино. В ту эпоху меньшинство еще не могло захватить государственную власть, использовав военную технику для навязывания своей воли обществу. Отсутствовали также и современные средства пропаганды.