В подобном настроении Мюнцер прибыл в Мюльхаузен. Именно на нем лежит ответственность за разжигание там крестьянской войны. Перед алтарем он развернул огромное шелковое знамя с изображением радуги и девиза: "Слово Божье пребывает вовек". "Пора! Настало время! - вскричал он.- Будь вас даже всего лишь трое, посвященных Богу, вам нечего бояться ста тысяч! Вперед! Вперед! Вперед! Никакой жалости! Не жалейте нечестивцев, когда они рыдают. Помните, что Бог повелел Моисею уничтожать нечестивых полностью и без жалости. Поднялись все крестьяне. Бейте! Крушите! Крушите! Вперед! Вперед!"
Деревня действительно пребывала в волнении. Крестьяне поднимались повсюду. А утомленный Фридрих Мудрый ожидал смерти. Своему брату Иоганну он писал: "Возможно, крестьянам предоставили долгожданный повод к восстанию как раз помехи, чинимые Слову Божьему. Многократно бывал бедный народ обманут своими господами, и ныне Бог ниспосылает гнев Свой на нас. Если будет на то Его воля, к власти придет простой человек. Если не будет на то Его воли, конец вскоре будет иным. Будем же молить Бога простить наши грехи, вверяя исход в Его руки. Он благоустроит все в Свое благоволение и прославление". Брат Иоганн уступил крестьянам принадлежавшее власти право сбора налогов. Фридриху он писал: "Как князья мы разгромлены".
Лютер пытался перегородить хлынувший поток плотиной, отправившись в гущу крестьян, чтобы обратиться к ним с увещеванием. Они встретили его насмешками и ненавистью. Тогда он написал трактат "Против разбойничьих и грабительских шаек крестьян". По его разумению, ад опустел, поскольку все бесы подались к крестьянам, а сатана пребывает в Томасе Мюнцере, "который лишь подстрекает к грабежу, убийству и кровопролитию". Христианский правитель, подобный Фридриху Мудрому, должен воистину обратиться к своему сердцу и смиренно молиться о помощи против дьявола, поскольку наша "война не с плотью и кровию, но с духовным нечестием". Кроме того, князю надлежит выйти за рамки своего долга и предложить условия мира обезумевшим крестьянам. Если же они эти условия отвергнут, ему следует незамедлительно взяться за меч. Лютер никоим образом не приветствовал намерение Фридриха Мудрого ничего не предпринимать, предоставив решать исход событий Господу. Ему больше импонировал Филипп Гессенский, который сказал: "Если бы не моя решительность, вся смута в моей местности вышла бы из берегов через четыре дня".
Лютер сказал:
"Если поселянин пошел на открытый бунт, он поставил себя вне Закона Божьего, ибо бунт есть не просто убийство, но подобен огромному пожару, который охватывает всю землю, оставляя за собой пепелище. Так и бунт приносит с собой убийства и кровопролитие, он оставляет вдов и сирот, переворачивая все вверх дном, подобно великому бедствию. Посему пусть всякий, кто способен, колет, рубит и поражает, будь то тайно или открыто, памятуя, что не может быть ничего более пагубного, вредоносного и дьявольского, чем бунт. Представьте, будто перед вами взбесившийся пес, и если вы не убьете его, он погубит вас и с вами всю землю".
Некоторые из князей выказали излишнюю готовность колоть, рубить и поражать, а Томас Мюнцер тут же предоставил им повод для этого. Герцог Георг, ландграф Филипп и некоторые другие проявили достаточную быстроту. Мюнцер с крестьянским войском сосредоточился близ Франкенхаузена. Крестьяне известили князей, что не ищут ничего, кроме праведности Божьей, и желают избежать кровопролития. Князья отвечали: "Выдайте нам Томаса Мюнцера. Остальных пощадим". Предложение было заманчивым, но Мюнцер пустил в ход все свое красноречие: "Не бойтесь. Гидеон с малой горсткой сокрушил мадиамян, а Давид поразил Голиафа". И в этот момент на небе появилась радуга - тот самый символ, что был изображен на знамени Мюнцера. Крестьяне сплотили ряды. Но князья воспользовались перемирием для того, чтобы окружить их. Лишь шестьсот человек попали в плен. Пять тысяч были изрублены.
Мюнцер бежал, но был схвачен и обезглавлен после пыток. Затем князья принялись за расправу.
Разгром и его влияние на Реформацию