Новый этап в строительстве и становлении конвойных команд проходил в период контрреформ 1880 – 1890 гг., отхода от наметившегося ранее либерального курса развития, нарастания системы административных репрессий, увеличения числа арестантов и ссыльных. Ушли со своих постов прогрессивно настроенные министры, наступил решительный поворот в сторону реакции. Растет социальная напряженность в обществе. Дворянство вынуждено уступать свою монополию на власть крепнущей буржуазии, претендующей на более значительную политическую роль в стране. Этому способствует развитие товарно-денежных отношений, оживление рынка, расширение транспортных возможностей, увеличение сельскохозяйственного производства и определенный подъем промышленности. Но вместе с тем в обществе возникает сложный клубок противоречий, вызывающий недовольство в низах, проявляющееся в разных формах социального протеста.
Все это не могло не наложить своего отпечатка на военное строительство, не сказаться на положении местных войск, в частности, конвойных команд. Все большее влияние приобретает Министерство внутренних дел, которое после упразднения III отделения становится центральным руководящим органом жандармерии и полиции. Главное тюремное управление этого министерства претендует на главенствующую роль в служебной деятельности конвойных команд.
В мае 1880 г. главным инспектором по пересылке арестантов и заведующим этапно-пересыльной частью Главного штаба, а также членом главного военно-тюремного комитета Военного министерства с оставлением членом комитета по передвижению войск железными дорогами и водою назначается генерал-майор Николай Николаевич Гаврилов.
Это был весьма образованный (окончил Константиновский кадетский корпус и Николаевскую академию Генерального штаба по 1-му разряду) и высококвалифицированный штабист, обладавший обширными знаниями, педагогическими способностями (некоторое время преподавал тактику в 1-м Павловском училище), хороший организатор, культурный и гуманный человек. У него был свой, отличный от предшественников, подход к инспектированию команд, несущих конвойную службу. Его стиль заключался в том, чтобы доходить до солдата, настойчиво добиваться исправления зафиксированных недостатков. Он проявил живейший интерес к новому для него делу, вникая не только в службу конвоирования, но и в положение самих арестантов, в постановку вообще всей пенитенциарной системы в стране. Поэтому его отчеты по инспектированию пересылки арестантов представляют особый интерес, они насыщены фактами и выводами, подробно рисуют картину состояния пересыльного дела в 80-х гг.
К тому времени значительно возросли перевозки арестантов по железным дорогам и водным путям сообщения. В навигацию 1881 г. начались первые перевозки на зафрахтованных судах по Волге, Каме, западносибирским рекам. Еще в мае 1875 г. с купцом Колчиным был заключен контракт на 10 лет о предоставлении для перевозок арестантов от Нижнего Новгорода до Перми трех 120-сильных мелкосидящих пароходов («Сарапулей», «Добрый», «Фабрикант») и трех барж («Томск», «Тюмень», «Тобольск»), а несколько ранее с ним же договорились о поставке трех пароходов («Рейтерн», «Косаговский», «Беленченко») и трех барж для перевозок по рекам Тура, Тобол, Иртыш, Обь и Томь.
Гаврилов сам проехал с партией политических ссыльных от Москвы до Карийских промыслов и Нерчинских заводов, испытав на себе все способы передвижения: и по железной дороге, и на пароходе, и на троечных подводах. Поставка троечных и двуконных подвод производилась по контракту, заключенному с купцом Михайловым 22 июля 1878 г. На каждой из них, кроме возчика и конвоира, умещалось шесть арестантов, которые сидели на соломе или собственных вещах, трое спереди и трое сзади. Скорость передвижения 8 верст в час. Каждая партия при таком способе перевозки состояла из 20 подвод. Гаврилов предложил освободить семейных арестантов от наручных оков (ножные кандалы все равно оставались). Пешее конвоирование он считал самым тяжким видом кары