Организационная перестройка конвойной стражи, приспособление ее к прогрессирующим техническим возможностям для облегчения, ускорения и удешевления процесса конвоирования происходили в этот период под руководством Н.В. Левицкого. В 1894 г. он был произведен в генерал-лейтенанты. Особенно интенсивно пришлось ему и помощникам (всего один штаб-офицер для поручений и 11 писарей, т.е. фактически штаба, как централизованного органа управления, у него не было) поработать в последние полтора года его деятельности. Предстояло серьезно подготовиться к организации перевозок арестантов по Сибирской железной дороге, строительство которой шло быстрыми темпами. Она начала осуществляться с 1895 г., высвободив от несения конвойной службы резервные части и значительно облегчив служебную нагрузку местных команд, расположенных в Омском военном округе. От Челябинска до Омска перевозка арестантов проводилась конвоями Челябинской конвойной команды, а от Омска до Каинска – Каннской местной командой. От пеше-этапного сопровождения освободились Петропавловская и Тарская местные команды (циркуляр Главного штаба № 250 за 1895 г.). В следующем году маршрут был продлен до станции Болотная. Тогда же была организована перевозка арестантов на частных пароходах по реке Иртыш от Тобольска до Тары. Росло число пароходно-конвойных команд. Такой статус, например, приобрела Астраханская команда, в ведении которой была пересылка арестантов на двух пароходах по реке Волге и на специально оборудованной шхуне по Каспийскому морю (приказ по Военному ведомству № 46).
Мимо внимания главного инспектора не проходили и вопросы положенного довольствия арестантов, соблюдения правил и порядка конвойной службы конвоирами. Об этом свидетельствует приказ по конвойным командам № 2046 от 7 мая 1894 г., подписанный генерал-майором Левицким. Приказ объявлял заключение военного прокурора Омского военно-окружного суда по следственному производству о штабс-капитане Тюменской пароходно-конвойной команды Сырцове и унтер-офицере той же команды Емельянове. Они обвинялись в том, что во время сопровождения арестантских партий на барже «Вера» (Тюмень – Томск) в мае и июне 1892 г. допустили выдачу арестантам
Левицкий, как и его предшественники, строго следил за качеством службы и соблюдением законности.
На протяжении всего времени его командования продолжались структурные изменения в составе конвойной стражи. Например, было признано целесообразным с