3 ноября 1896 г. главным инспектором по пересылке арестантов и заведующим этапно-пересыльной частью Главного штаба был назначен помощник начальника Главного штаба генерал-майор Иван Дмитриевич Сапожников. Ему было в ту пору 65 лет, из которых 50 лет отдано военной службе. Происходил он из дворян Тамбовской губернии, окончил кадетский корпус и Николаевскую академию Генерального штаба. Служба его проходила в составе Оренбургского корпуса, некоторое время в Оренбургском жандармском управлении и последние 30 лет в штабах Оренбургского, Туркестантского и Московского военных округов, а с 1879 г. – в Главном штабе. Его деятельность на новом посту продолжалась десять лет25
. Для человека немолодого исполнять столь трудные обязанности было нелегко. Опытному штабисту пришлось осваивать незнакомую ему специфику пересыльного дела и конвойной службы.Основным методом руководства оставалось личное инспектирование, ознакомление с состоянием дел на местах, контакты с местным и окружным начальством, в ведении которого находились конвойные команды, изучение возможностей улучшения и совершенствования конвойной службы, материального и правового ее обеспечения. Дело осложнялось территориальной разбросанностью конвойных команд, многоступенчатостью их подчиненности, постоянной нехваткой людей. Трудностям управления сопутствовали сложности организации обучения, пополнения команд, контроля за их деятельностью. В связи с ростом революционного движения и частого введения чрезвычайного положения в ряде губерний усиливался поток арестантов и ссылаемых в административном порядке. Сил конвойных команд в связи с такой нагрузкой не хватало, что вынуждало прибегать к помощи военного командования, выделению конвоев из войск. А это, как уже случалось прежде, приводило к недоразумениям, а порой и к тяжелым происшествиям из-за непрофессиональных действий неопытных в конвойной службе солдат и офицеров. Дело иногда принимало серьезный оборот, получало огласку в прессе. Так, выходящая в Томске газета «Сибирский вестник» сообщила подробности убийства трех ссыльных из партии, следовавшей по Якутскому тракту под конвоем, выделенным от Иркутского резервного батальона, под начальством штабс-капитана Бассараба. Последний своими мелкими придирками, неумелыми действиями спровоцировал
Во второй половине 90-х гг. происходят изменения в составе конвойных команд, перераспределение списочной численности в связи с дальнейшим упразднением одних и формированием либо увеличением других. Данные об общем составе конвойной стражи по состоянию на 1 января 1896 г. приведены в табл. 11.
Штатный состав конвойной стражи практически оставался неизменным. Но прошедшие 10 лет показали, что данная численность для нужд службы является недостаточной. Поэтому в ряде регионов страны, где не было еще своих конвойных команд, приходилось по-прежнему использовать для конвоирования арестантов и ссыльных команды, выделенные из местных или полевых войск. Для последних это являлось весьма тяжелой и нежелательной обузой. Ежедневный наряд армейских частей в караулы в это время достигал более 12 500 нижних чинов, из которых непосредственно для нужд военного ведомства использовалось около 8500 и для обслуживания гражданских учреждений выделялось свыше 4000 человек.
С каждым годом ежедневно выделяемый наряд для караульной службы становился все более обременительным. Военное ведомство неоднократно поднимало вопрос об освобождении войск от окарауливания тюрем, сопровождения арестантов на внешние работы, охраны почто-телеграфных контор, станций, банков и казначейств. Речь шла о замене войсковой охраны вольнонаемной стражей. Сразу решить этот вопрос оказалось невозможно, поэтому пошли на постепенное сокращение выделяемых для этой цели войсковых нарядов.
Что касается конвойной стражи, то нагрузка ее все время возрастала. В конце 1896 г. уже при генерале Сапожникове появилась возможность освободить части Московского гарнизона от сопровождения арестантов в черте города, целиком возложив эти обязанности на Московскую конвойную команду.