Пока прошение Баха рассматривалось и проходило свои бюрократические обороты, в Лейпциге назрел новый конфликт из-за префекта хора, т. е. помощника регента: кто должен его назначать? Кантор или ректор? Надо сказать, что благоволивший Баху ректор Геснер из-за отказа магистрата совмещать ему ректорскую должность и профессорство в университете, перевелся профессором в Геттинген, а новым ректором стал его заместитель, Иоганн Август Эрнести, однофамилец первого баховского начальника. С ним и произошел конфликт. Пикантность заключалась в том, что первоначально кантор и ректор договорились, что префекта назначает ректор, но договоренность эта была заключена, когда Эрнести и Бах возвращались с сытного свадебного обеда, и Бах благодушно согласился на то, что назначение префекта будет в руках ректора. С этого момента прошло достаточно много времени, месяца три, когда Бах вдруг решил, что назначать префекта – это его право, и лишение этого права представляет по отношению к нему вопиющую несправедливость. Бах устроил скандал, причем уже совершенно на ровном месте. И здесь он, конечно, был не прав, потому что существовала договоренность.
Конфликт снова обострил недовольство Бахом, и тяжба длилась несколько лет. Закончилась она только после того, как Баху в 1736 году было присвоено искомое им звание придворного композитора, и магистрат был вынужден от него просто отстать.
Не все в порядке было и в семейной жизни Баха. Один из его сыновей, Готфрид Генрих, оказался, как тогда говорили, слабоумным (может быть, это был синдром Дауна), и за ним нужен был постоянный уход. Но особые неприятности Иоганну Себастьяну причинял его третий сын, Иоганн Готфрид Бернхардт. В 1736 году Бах рекомендовал бургомистру Зангерхаузена своего 21-летнего сына на должность органиста в этом городе. Иоганн Готфрид приехал туда в начале 1737 года, прошел испытания и вступил в должность, но, проработав совсем немного, наделал долгов и сбежал неизвестно куда. Сохранилось письмо Баха бургомистру. Вот оно: