Но пока царствовал Федор Алексеевич. В борьбу за влияние на царя сразу же включилось несколько боярских группировок — родственники его матери Милославские, приближенные самого Федора и родня Натальи Нарышкиной. Милославские попытались удалить от престола Нарышкиных, но потерпели неудачу, когда успех был совсем близок. Болезненность и неопытность не помешала Федору выбрать себе невесту, ни с кем не советуясь, — он предпочел девушку, которую случайно встретил во время крестного хода. Ближайшие советники царя — постельничий Иван Языков и стольник Алексей Лихачев поддержали выбор царя, тем самым укрепив свое положение. В 1680 году Федор женился на племяннице думного дьяка Заборовского Агафье Грушецкой. Милославские попытались оклеветать молодую царицу, но Языков и Лихачев разоблачили клеветников, и разгневанный царь удалил Милославского от двора. Впоследствии Агафья убедила царя вернуть Милославского, но прежнее влияние было утеряно. Современники утверждают, что молодая царица играла значительную роль в придворной жизни. Не без ее влияния в Москве начали брить бороды, носить польские сабли и кафтаны, открывать польские и латинские школы. Впрочем, и сам Федор владел польским языком и латынью.
Оказавшись в окружении молодых единомышленников (важную роль среди них играл и умудренный жизнью князь Василий Голицын), Федор Алексеевич почувствовал себя свободным. Недолгое его правление отмечено значительными преобразованиями. Но прежде чем приступить к ним, правительству Федора Алексеевича пришлось решать острейшие внешнеполитические проблемы.
В 1677 году Османская империя развернула против России военные действия на Украине. Поводом к ним стал переход в 1676 году на сторону России гетмана Дорошенко, прежде склонявшегося к турецкому султану. Дорошенко передал русским войскам важную крепость Чигирин, которая фактически была столицей Украины и являлась ключом ко всей обороне правобережья Днепра и юга России. Самого Дорошенко после этого принял государь и оставил в Москве «для способов воинских против неприятельского наступления турок и татар». В ответ турецкий султан провозгласил гетманом Юрия Хмельницкого. Запорожцы поддержали его, и уже 4 августа турецкая армия и Хмельницкий стояли под Чигириным. Началась трехнедельная осада, однако туркам так и не удалось сломить сопротивление гарнизона. Россия перебросила под Чигирин войска, которые 28 августа разгромили турецкую армию. После этого неизбежность войны с Турцией стала очевидной. Создать антитурецкую коалицию России так и не удалось, и страна осталась один на один с военной мощью Османской империи. Турция к тому времени успешно теснила своих европейских противников. Летом 1678 года турецкие войска начали новое наступление на Чигирин. 12 августа после долгой осады и кровопролитных сражений русская армия оставила крепость. Война продолжалась еще два года, но крупных сражений больше не было, и 13 января 1681 года в Бахчисарае было подписано 20-летнее перемирие. По его условиям Киев оставался российским, обезлюдевшие в годы войны земли между Днепром и Бугом объявлялись ничейными, а запорожские казаки признавались подданными русского царя.
Война с Османской империей вызвала брожение на всех южных рубежах России. На Дону казаки сталкивались с калмыками, а на Яике, казалось, и вовсе вернулись времена Стеньки Разина. Атаман Васька Касимов захватил город Гурьев, а когда царские войска оттеснили его к морю, грабил туркменские и персидские города. В 1679 году начались волнения против правительства среди башкир и татар. Они прямо говорили: «Чигирин турки и крымцы взяли, и мы будем воевать, потому что мы с ними одна родня и душа». Им удалось взять Кунгурский острог и разгромить несколько деревень. Летом 1680 года более трех тысяч татар и калмыков сожгли посад в Пензе. В Южной Сибири действовали киргизы, особенно в Томском уезде и под Красноярском.
Обострилось положение и на севере Сибири — если прежде русские почти не встречались там с сопротивлением, то в 1677 году тунгусы осадили Охотск, а в 1679 году вооруженные стычки происходили в Западной Сибири под Обдорском и в Якутии. Гнев населения был вызван жестокостями, самодурством и поборами царских чиновников, причем в некоторых случаях против них восставали и русские служилые люди.