Незадолго до смерти Федор самое пристальное внимание уделял проекту создания высшей школы — Академии, где «науки гражданские и духовные, начиная от грамматики, пиитики, риторики, диалектики, философии разумительной, естественной и правной, даже до богословии, учащей вещей божественных и совести очищения, постановить». Проект Академии возник не на пустом месте — в 1680 году при Печатном дворе в Москве открылась школа, где обучали греческому языку несколько десятков учеников. Славяно-греко-латинская академия, открытая в Москве в 1687 году, во многом соответствовала этому первому плану.
Федор скончался 27 апреля 1682 года, не оставив наследника. Царица Агафья умерла при родах 14 июля 1681 года, а через несколько дней умер и сын Федора.
Жизнь шла своим чередом, а между тем в России начинался очередной династический кризис.
Правительница Софья
По праву наследовать престол должен был брат Федора Иван Алексеевич. Однако тот был почти слеп и сильно отставал в умственном развитии. Все понимали, что за него будут править другие, а именно царевна Софья с Милославскими. Возвращение Милославских к власти не устраивало не только приближенных покойного царя, которым грозила неминуемая опала, но и сторонников другого царевича, десятилетнего Петра. Они догадывались, что с воцарением Ивана его приближенные сделают все, чтобы Петр никогда не смог претендовать на престол. Государственная необходимость, логика и чувство самосохранения подсказывали боярам объявить царем совершенно здорового Петра. Их поддерживал и патриарх Иоаким. Атмосфера накалялась. К счастью, обошлось — Иоаким обратился к собравшимся на площади людям, те выкрикнули Петра, и патриарх сейчас же благословил его на царство.
Но Петр был мал, и, по обычаю, правление должно было перейти к его матери, Наталье Нарышкиной. Софья, чтобы не допустить правления мачехи, была готова на все. Милославские умело воспользовались недовольством стрельцов, которые еще при жизни Федора выражали недовольство поборами своих полковников и незаконными вычетами из жалованья. Челобитные их, однако, возымели обратные последствия: жалобщиков били кнутом и отправили в ссылку.
Смена государя подтолкнула стрельцов к действиям, и на третий день после воцарения Петра они явились во дворец и потребовали взыскать с полковников все невыплаченные им деньги (сумма доходила до 2 тысяч рублей). Правительство обещало наказать полковников. Почувствовав силу, стрельцы стали свободно распоряжаться в городе. Царевна Софья, Милославские и знаменитый воевода Иван Хованский всячески их подстрекали. Заговор готовили тщательно. Не забыли составить и список тех, кого надо убить.
Бунт начался 15 мая, когда сторонники Милославских объявили, что Нарышкины задушили царевича Ивана. Стрельцы ударили в набат и двинулись к Кремлю. Стрелецкие слободы находились в пригородах, и бунтовщикам нужно было пройти Земляной город и Белый город. Ворота этих мощных крепостей были открыты. Не успели запереть и кремлевские ворота, и Наталье Нарышкиной ничего не оставалось, как выйти вместе с патриархом, Петром и Иваном на Красное крыльцо. Стрельцы заподозрили было обман, спрашивали у Ивана, точно ли он настоящий царевич Иван Алексеевич и не «изводит» ли его кто. Иван сказал, что ему не на что жаловаться. Бояре начали увещевать стрельцов и почти добились успеха, как вдруг явился глава стрелецкого приказа князь Долгорукий и обрушился на своих подчиненных с бранью и угрозами. Стрельцы тут же забыли все увещевания, схватили своего ненавистного начальника и бросили его на копья. Пролилась первая кровь, и остановить стрельцов было уже невозможно — с оружием они ворвались во дворец. Наталья Нарышкина едва успела укрыться в Грановитой палате.
Три дня продолжался бунт. В первый день, 15 мая, многие из «черного списка» были убиты, но Ивана Нарышкина бунтовщики так и не нашли. На другой день стрельцы, угрожая перебить всех бояр, потребовали его выдать. Нарышкина стрельцы считали главным изменником и, не получив его, успокоиться не могли. В Кремле понимали это, и 17 мая Нарышкина отдали на растерзание. Его долго пытали, а потом рассекли на части на Красной площади. После этого бунт пошел на убыль. Еще несколько дней стрельцы вымогали у правительства деньги и имущество убитых, требовали наказать неугодных им лиц. Правительство шло им навстречу — цели подстрекателей бунта были достигнуты, Милославские убрали своих противников. Но реальной правительницей сделалась Софья — кроме нее, никто не рискнул взять на себя ответственность.