В конце 1670-х годов прибавился новый, очень серьезный повод для бунтов — раскол. Многие старообрядцы из тех, что примкнули в свое время к движению Разина, остались жить на Дону. Казаки их не трогали, хотя предупреждали, что если будет на то государева воля, то разорят скиты и пустыни немедленно. Особенный успех проповеди раскольников имели в Сибири. Они не боялись выступать на площадях, срывали церковные службы, распространяли «прелестные листы». Проповедников били, заключали в тюрьмы, но их последователей власти пока старались переубедить. Старообрядцы, однако, редко шли на переговоры с «антихристовой властью». С их точки зрения, «последние времена» уже наступили, близился конец света, и спасти от «никоновской мерзости» могло лишь «огненное крещение» — массовое самосожжение. Впервые такое случилось в 1672 году в Нижнем Новгороде и с тех пор повторялось все чаще. В 1677 году в Тобольском уезде закончили жизнь в огне более 1700 единомышленников монаха Даниила. У Даниила нашлись последователи, в особенности среди крестьян, готовые «в огне гореть, как у Данилы священноинока пострадали». Беглецов в «пустыни» и гарей становилось все больше, а в 1681 году «раскольничьи листы» распространялись уже в Москве.
Старообрядцы считали самосожжение «неоскверняемым крещением огнем» и шли на него для того, чтобы «не погибнуть зле духом своим». А зло олицетворяла светская и духовная власть, проводившая никоновскую реформу. Никона же раскольники давно считали Антихристом. Верной приметой его пришествия, по их мнению, стала чума 1654 года и последовавшие за ней небесные знамения. Архимандрит Новоспасского монастыря Спиридон рассчитал, что пришествие Антихриста состоится в 1666 году, а царство его продлится три года, после чего настанет конец мира. Когда конец света в указанный срок не наступил, это истолковали как отсрочку, которая дана людям на искупление грехов. Полагали, что продлится она 33 года — ведь таков был и срок земной жизни Христа. Времени для искупления грехов оставалось мало, а очистительный огонь давал спасения всем и немедленно.
Успех проповедников-старообрядцев тревожил светские власти и духовенство, и в 1681 году был созван церковный собор. Речь на нем шла об укреплении официальной церкви и о том, как подавить сопротивление реформе. Главным итогом собора стало требование предавать противников церковной реформы «градскому суду». Хотя молодой царь выступал за смягчение наказаний, это решение стало основанием для жесточайших репрессий против раскольников (по Соборному уложению 1649 году за ересь полагался костер; вопрос был в том, считать ли старообрядцев заблудшими братьями или закоренелыми еретиками). Весной 1682 года вспыхнул главный костер раскола — в деревянном срубе «за великие на царский дом хулы» был сожжен протопоп Аввакум.
Смягчение уголовных наказаний, предпринятое правительством Федора Алексеевича, знаменовало новый поворот в развитии страны. Прежде ничего подобного Россия не знала. В 1679 и 1680 годы указано было преступникам «рук и ног и двух перстов не сечь», а ссылать в Сибирь «на вечное житье на пашню». В те же годы все чаще отменялась одна из самых жестоких казней, как правило, применявшаяся к женщинам, — «окапывание» в землю (преступниц закапывали вертикально, оставляя на поверхности только голову, и спустя несколько дней они умирали). А в 1680 году по всем городам разослали грамоты о том, чтобы в тюрьмах никого долго до решения дел не держали, а решали бы дела без промедления.
В начале 1682 года царь Федор провел главную свою реформу — отменил местничество. Обычай этот подрывал единство российской знати и самым пагубным образом сказывался на боеспособности русской армии. Требовалась коренная реформа вооруженных сил, а без отмены местничества провести ее было бы невозможно. В конце 1681 года царь повелел составить комиссию, в которую вошли выборные представители служилых людей. Возглавил ее один из знатнейших бояр, князь Голицын. 12 января 1682 года царь объявил, что от местничества «происходила великая пагуба и ратным людям великое умаление», и велел сжечь разрядные книги, куда записывались все распоряжения правительства о назначениях на военную и гражданскую службу и которые служили основанием для местнических споров. Как ни странно, никаких возражений не последовало. Минувшие военные кампании уже приучили бояр к тому, что на войне они «без мест» — то есть решающее значение придавалось компетентности, а не знатности. Приближенными государя все чаще становились люди совсем неродовитые — как Афанасий Ордын-Нащокин при Алексее Михайловиче, которому Россия обязана дипломатическими успехами 1660-х годов.