Когда определенные улики убеждали навахов в виновности того или иного человека, они на веревке приводили его на собрание, где начинали допрос. Если человек не признавался в содеянном, ему связывали ноги и руки и не позволяли есть, пить и справлять нужду, пока не добивались признания. Подобная пытка применялась и индейцами пуэбло. К ногам предполагаемого колдуна могли прикладывать горящие угли. В некоторых случаях обвиненному в колдовстве позволяли убраться прочь при условии, что он навсегда покинет пределы сообщества. Обычно колдунов приговаривали к смерти и убивали. Казни были различными, но всегда отличались жестокостью. Колдуна могли пристрелить, или забивали топорами и дубинами, или вешали. Порой семья жертвы получала от семьи или клана колдуна (обвиненного или казненного) отступное. Относительно души колдуна после его смерти большинство навахов сходятся на том, что она попадает туда же, где обретаются души всех остальных людей, но более не может причинять вред живым людям.
Во всех племенах женщин-колдуний наказывали так же сурово, как и мужчин. Никаких поблажек представительницам слабого пола не делалось.
Один из индейцев рассказывал, как сожгли колдунью. Люди пришли к шаману и попросили его найти тех, кто наслал на них зло, потому что многие умерли от колдовства. Шаман пел всю ночь и в итоге обнаружил колдунов. Он указал на семейную пару — мужа и жену — и посоветовал избавиться от них. Когда шаман пел, колдун рыскал в округе, чтобы разузнать о происходящем, и услышал, что их собираются утром схватить и наказать. Ночью с женой и младенцем он бежал в горы. Утром их начали выслеживать и нашли женщину и младенца, а мужчине удалось скрыться. Пойманных привели в селение, где от женщины потребовали отдать ее колдовские принадлежности. Она подтвердила, что является колдуньей, но никаких принадлежностей у нее нет, потому что сила раздвинула ее язык по центру и вложила туда колдовство, и теперь, чтобы она ни сказала, это сбывается. Незадолго до этого два воина погибли в бою, и люди спросили колдунью, кто виновен в этом. Она ответила, что это ее работа. Ее подвесили за запястья к ветви дерева так, чтобы пальцы ее ног едва касались накиданной под ней охапки дров, и разожгли костер. Женщина сгорела, не проронив ни слова и ни стона. Пока она горела, люди решали, что делать с младенцем. Никто не хотел брать его, и его тоже бросили в костер. «После того как эту женщину сожгли, все равно умерло много людей, потому что, пока колдунья горела, она, должно быть, насылала на людей зло, — рассказывал индеец. — Никто из лидеров того времени и их родственников не дожил до сегодняшнего дня, и это странно».
Бывало, что навахо убивали подозреваемого без «суда». Обычно это делали родственники или друзья жертвы. У чирикауа-апачей предполагаемого колдуна убивали те, кто подозревал, что он насылает на него порчу, либо родственники человека, умершего, как полагалось, по его вине. Как правило, его убивали из ружья и так, чтобы никто не знал, кто это сделал. У западных апачей, по сообщениям за 1942 год, в случаях, когда существовала уверенность в том, что некий человек наслал колдовство, ближайший родственник жертвы мог найти и убить его. Но по другим данным, обвиняемого всегда подвергали суду. Даже в середине XX века суды проводились по прежней схеме. Управлялись они лидером сообщества. Предполагаемого колдуна связывали и держали без пищи и воды, пока он не признавался. Ему задавали вопрос за вопросом. Если обвиняемый все отрицал, его подвешивали к ветви дерева. Если добиться признания не удавалось, под ним могли развести костер.
Позднее, в 1970 году, суды уже были менее жестоки. Обвиняемого предупреждали, что при попытке скрыться его догонят и пристрелят. Если люди были убеждены в вине подозреваемого, он был вынужден в дальнейшем жить в изоляции. Как сказал один из апачей: «Люди не желали общаться с ними, и потому они жили вдали от всех».
Несмотря на все отрицания со стороны индейцев, вера в колдовство среди них продолжала существовать. Клайд Клакхохн еще в 1944 году столкнулся с тем, что навахо не любили говорить, а порой даже упоминать о колдовстве, и скорее отвечали, что не верят в него. Один из них, отрицая существование колдовства, добавлял, что даже его прадед «говорил, что никаких колдунов не существует». Кейт Бассо в 1970 году также отмечал, что от западных апачей ему часто приходилось слышать подобные выражения: «Я могу рассказать тебе все, что я слышал о колдунах, но не думаю, что это правда».