Буржуазия и крестьянство желали порядка, стабильности, и Наполеон был в состоянии дать им желаемое. Бонапарт немедленно взялся за решение самых насущных проблем – укрепление государственной власти и борьбу с коррупцией. Во Франции сохранилось деление на департаменты, но было уничтожено местное самоуправление. Во главе департаментов стояли назначаемые министром внутренних дел префекты, обладавшие в своей области мало чем ограниченной властью. Разбойники на дорогах были переловлены в первые же месяцы правления Бонапарта. Пощады им не было. Действуя как кнутом, так и пряником, удалось значительно улучшить положение в Вандее. Значительно опаснее стало брать взятки. Наполеон сурово преследовал казнокрадов и расхитителей.
Однако наведение порядка шло параллельно с установлением настоящей диктатуры, которая и до, и после описываемых событий не раз становилась оборотной стороной медали стабилизации. Наполеон быстро уничтожал в стране всякое инакомыслие и приводил все слои населения в полное подчинение. Из 173 издававшихся в Париже газет было закрыто 160. В оставшихся печатали официоз, лишь то, что позволяла полицейская цензура. Министерство полиции под руководством Фуше покрыло шпионской сетью всю Францию, тонны доносов потекли в кабинет непревзойденного министра-интригана. На деятельность министерства полиции отныне выделялись огромные средства. Бонапарт же с помощью своего верного соратника Савари установил слежку за Фуше и за теми, кто следил за Фуше.
Реформы внутри страны начали приносить свои плоды, но Наполеон не успел закончить работу по строительству фактически нового государства. Как политик он достиг большого успеха, но как полководца его не могла не беспокоить неудача, которую он потерпел в Египте. Вести оттуда были неутешительные. Попытки Бонапарта организовать отправку подмоги оставленному им Клеберу провалились. (В конце концов отважный Клебер погиб, а его преемник вынужден был капитулировать.) Рано или поздно вся правда о Египте должна была открыться, репутация Бонапарта как непобедимого генерала была подмочена. Франция продолжала находиться в состоянии войны с Австрией и Англией, и эти проблемы в любом случае нужно было решать и желательно без потери предыдущих позиций. Это заставило нового правителя Франции вновь надеть мундир и взяться за саблю. 8 мая 1800 года Наполеон уехал из столицы на свою очередную войну.
До этого вызвав в стране настоящий патриотический бум, первый консул получил 200 тысяч рекрутов и призвал под знамена около 30 тысяч ветеранов. Ему предстояло спасти страну от новой интервенции, в первую очередь австрийской. Силы австрийцев были сосредоточены в двух местах. Первая армия под начальством Края находилась в Швабии. Другой армией командовал барон Мелас. Она находилась в южной части североитальянского театра войны, по направлению к Генуе. Мелас должен был вытеснить из Лигурии небольшую Итальянскую армию французов, войти в Прованс и взять Тулон при содействии 20 тысяч английских солдат, которые были сосредоточены на Менорке.
Французская армия под командованием Ожеро находилась в Бельгии для предотвращения возможного вторжения англичан. Значительные войска (110 тысяч) под командованием генерала Моро действовали против Края. Моро должен был угрожать коммуникациям австрийцев и отбросить их в Баварию. Сразу скажем, что с этой задачей талантливый французский военачальник справился блестяще: умело маневрируя и давая сражения, французы заняли всю Баварию к западу от реки Изар. Однако основной удар Наполеон намеревался нанести не здесь, а в Италии.
В Италии находилась 25-тысячная армия генерала Массена. В его задачу входило удерживать здесь войска Меласа, не дать последнему пройти во Францию по Лигурийскому побережью. Свои войска Массена пришлось разбросать на протяжении от Ниццы до Специи. В итоге Мелас разрезал надвое эту тонкую цепь и запер 15 тысяч французов в Генуе. Героическая оборона Генуи французами продолжалась с 25 апреля до 2 июня 1800 года, то есть до появления в Италии Наполеона. Город был в результате сдан, однако небольшой армии Массена удалось сдерживать здесь до 50 тысяч австрийцев и эскадру английского адмирала Кейта.