Оккупация Египта позволяла решить сразу три стратегические задачи: захватить Суэцкий перешеек, блокировав тем самым один из путей, связывавший Индию с Англией, заполучить новую колонию, которая, по словам Талейрана, «одна могла бы компенсировать все владения, утраченные до сих пор Францией», завладеть важным плацдармом, открывающим доступ к основному источнику процветания Англии — Индии, где Типпо-Сахиб вел освободительную войну с британскими колонизаторами.
Военно-исторические цели похода на Восток совпадали с научными интересами Франции. Поход вписывался в долгую череду этнографических путешествий XVIII века. Предполагалось, что к армии присоединится научно-исследовательская экспедиция, с тем чтобы впоследствии на основании собранных материалов создать Институт Египта. В путешествии приняли участие отобранные Монжем, Бертолле и Арно 21 математик, 3 астронома, 17 инженеров-строителей, 13 натуралистов и горных инженеров, столько же географов, 3 химика, специалисты по пороху и селитре, 4 архитектора, 8 рисовальщиков, 10 механиков, 1 скульптор, 15 переводчиков, 10 литераторов, 22 наборщика, в распоряжении которых имелись латинские, греческие и арабские шрифты. Список прославленных имен выдающихся деятелей впечатляет: Монж, Бертолле, Костаз, геометр Фурье, минералог Доломье, астроном Мешэн, натуралист Жофруа Сент-Илер, врач Деженетт, прославившийся своими карандашами химик Конте, археолог Жомар, ориенталист
Жобер, гравер Виван Денон… А также художник-флорист Редуте, пианист Рижель и поэт Парсеваль-Гранмезон, муза которого останется, правда, безучастной к этой эпопее.
Придав военной кампании научно-исследовательский характер, Бонапарт подтвердил свою принадлежность к касте идеологов. В конечном счете завоевание Египта являлось для него прежде всего внутриполитической акцией. Бонапарт был, несмотря на приписываемые ему высказывания, слишком трезвым реалистом, чтобы мечтать о создании восточной империи наподобие той, которой увековечил себя Александр Македонский. Слишком уж много препятствий ждало его на этом пути, начиная с религии и языка. Разумеется, он рассчитывал со временем поделить с русским царем оттоманские владения, мечтал о новом Египте, возрожденном благодаря протекторату французской администрации, а то и о мировой Империи. Однако в 1798 году он думает прежде всего о том, как, уехав в такую даль, не растерять свой авторитет. Но вот он пересек Средиземное море, и Египет начинает рисоваться ему легкой добычей. Бонапарт надеется, что, пока в Париже будет углубляться правительственный кризис, военные успехи приумножат его славу. И не скрывает этого. Нацелившись на Францию, он замахивается на Европу. Когда это произойдет? И как? Этого он пока не знает, однако явно не намерен заживо хоронить себя в Египте.
19 мая двести кораблей под командованием адмирала Брюйе с тридцатипятитысячной армией отплыли из Тулона. Все было сделано за один месяц: укомплектованы личный состав и военное снаряжение, оснащены суда. Бонапарту не терпелось покинуть (на время, разумеется) Париж. Поспешность, приведшая к неизбежным просчетам в подготовке экспедиции. Хотя военные приготовления не ускользнули от внимания Британского адмиралтейства, Нельсон дважды прозевал французский флот, решив, по-видимому, что речь идет об экспедиции в Турцию. По пути Бонапарт без боя захватил Мальту. 1 июля французские войска, не встретив никакого сопротивления, высадились в Александрии. Город быстро перешел в руки французов. Однако невыносимая жара (Бонапарт явно неудачно выбрал время года и, похоже, планируя свои кампании, никогда не принимал в расчет метеорологические условия!), пустыня и царящая повсюду нищета ощутимо поубавили первоначальный энтузиазм. По свидетельству канонира Брикара, «солдаты гибли в песках из-за нехватки воды и продовольствия. Адская жара заставляла их бросать трофеи, и немало было таких, кто не вынес испытания и пустил себе пулю в лоб». Многие, несмотря на пропаганду, задавались вопросом: что привело на эту негостеприимную землю? Франсуа Бернуайе, директор пошивочной мастерской, писал своей жене из похода: «Мне стало известно, что, посылая армию без всякого объявления войны и без какого бы то ни было повода к ее объявлению, наше правительство рассчитывало водвориться во владениях султана Константинополя. Для этого, как мне говорили, достаточно толики сообразительности. Бонапарт, благодаря своей гениальности и победам, одержанным им во главе ставшей непобедимой армии, обрел во Франции слишком большой вес. Он стал помехой, чтобы не сказать — препятствием для властей предержащих. Других причин я не вижу».
Таковы были настроения в Египетской армии.