Будучи провинцией Оттоманской империи, Египет фактически находился под властью военно-феодальной диктатуры мамлюков, предки которых были рабами, вывезенными из различных районов Кавказа. Эта воинственная каста правила народом, состоявшим из мелких ремесленников, лавочников и феллахов, которые терпели владычество эмиров с тем большим неудовольствием, что в конце XVIII века Египет вступил в полосу явного экономического упадка. Молниеносный крах командной верхушки подтвердил верность прогнозов консула Магаллона. Хватило одного-единственного сражения, развернувшегося 21 июля в Гизе, близ Каира, неподалеку от Больших Пирамид. Атаки кавалерии мамлюков разбились о каре французской пехоты. Пропаганда тут же подхватила весть об этой победе и раздула ее до невероятных размеров, облегчив взятие Каира.
Однако 1 августа французский флот, которому до сих пор удавалось уклоняться от встречи с английской эскадрой, был застигнут Нельсоном на рейде в Абукире и полностью уничтожен. Бонапарт оказался заложником собственной победы.
В сентябре, после вступления в войну Турции и угрозы столкновения с армией Оттоманской империи, ситуация еще более осложнилась. Давали о себе знать и вызываемые жарким климатом инфекционные болезни. Враждебность местных жителей вылилась во вспыхнувшее 21 октября в Каире восстание, стоившее жизни генералу Дюпюи и любимому адъютанту Бонапарта — Сюлковскому. Это кровавое восстание очертило границы лояльности мусульманских властей.
А между тем немало было сделано, чтобы завоевать симпа-тии местного населения: французы уважительно относились к мусульманскому вероисповеданию, упраздняли отжившие феодальные институты, восстанавливали оросительную систему, способствовали оживлению экономики. Под руководством главного инженера Лenepa начались подготовительные работы по выравниванию уровней грунта на Суэцком перешейке для соединения Средиземного и Красного морей. Наподобие Института Франции был создан Институт Египта, в задачи которого входило «содействие прогрессу и просвещению в Египте». Начали издаваться две газеты на французском языке: «Курьер Египта» и «Египетская декада». Появилась возможность говорить о начале подъема страны, освободившейся от экономических, социальных и даже религиозных ограничений, навязанных ей тиранией мамлюков. Не было забыто и историческое прошлое: археологические раскопки в Фивах, Луксоре и Карнаке, обнаружение Розеттского камня, многочисленные наброски, выполненные Виван Деноном и рисовальщиками его группы, составили тот богатый материал, который лег в основу начавших с 1809 года издаваться внушительных томов «Описаний Египта».
А война тем временем продолжалась. Как и предполагалось, турки продвигались к Египту. В феврале 1799 года, после тщательной подготовки, Бонапарт выступил им навстречу, вторгшись в Сирию. Без особых усилий были взяты Газа (где погибло две тысячи турок) и Яффа. Зато Сен-Жан-д'Акр, обороняемый пашой Джезаром и бывшим однокашником Бонапарта Фелипо, оказался для французов крепким орешком. Город снабжала продовольствием и боеприпасами британская эскадра под командованием адмирала Сиднея Смита, тогда как французам явно не хватало осадной артиллерии: орудия, которые должны были быть доставлены морем из Дамиетты, перехватили англичане. Бернуайе в своих письмах утверждает, что некоторые генералы, такие, например, как Даммартен, обеспокоенные приписываемыми Бонапарту намерениями (в том числе — короновать себя королем Персии), «сделали все, чтобы затруднить взятие Сен-Жан-д'Акра». Свирепствовали болезни. 16 апреля в Мон-Таборе, близ Назарета, пришлось дать бой подошедшей из Дамаска турецкой армии. Другая высадившаяся в Абукире армия была 25 июля разгромлена спешно возвратившимся в Египет Бонапартом. Незадолго до этого Ланюсс подавил восстание, поднятое эль Моди.
Восточная греза превращалась в кошмар. Тем более что из Парижа поступали плохие новости. Отсутствие точной информации о ходе Египетской кампании порождало самые не-вероятные слухи. Недруги Бонапарта преувеличивали последствия катастрофы у Абукира и восстания в Каире. Сам главнокомандующий Египетской армией ввиду отсутствия надежной связи с Францией не мог своевременно принимать эффективных мер в свою защиту. А тут еще подключились англичане, изобличая жестокость Бонапарта, отдавшего распоряжение о ликвидации больных чумой французских солдат и безоружных турок. Бонапартистская пропаганда вяло и неубедительно пыталась внушить мысль об изгнании из Франции «коррумпированными чиновниками генерала и командной элиты Итальянской армии». С возобновлением войны на Европейском континенте другие поля сражений стали привлекать к себе внимание общественности. Поговаривали о перевороте, задуманном Сиейесом с помощью блистательного генерала Жубера.