24 июня у Ковно французы форсируют Неман. Наполеон рвется к Вильно с намерением расчленить русские войска. Он рассчитывает уничтожить их по очереди, а затем продиктовать условия мира. Тщетно: русские отступают, оставляя за собой выжженную землю. Наполеон надеется настичь их 17 августа в Смоленске, но они в очередной раз ускользают. Несмотря на то, что за два месяца не произошло ни одного серьезного сражения, численный состав Великой Армии неудержимо таял: из строя вышло 150 тысяч человек. Армия теряла из-за болезней, дезертирства и нехватки продовольствия от пяти до шести тысяч ежедневно. В командовании возникают разногласия: 8 июля Даву вошел в Минск и мог бы отрезать Багратиону путь к отступлению, если бы Жером атаковал с фронта. Последний, однако, не предприняв никаких действий, покинул армию после того, как Наполеон решил перевести ее в подчинение Даву. По свидетельству Буткевича, будущего епископа, находившегося в то время в Литве, французы производили впечатление плохо подготовленных солдат: драгунам, переквалифицировавшимся в уланов, пришлось сменить ружья на пики, с которыми они не умели обращаться, «кони вставали на дыбы, всадники нервничали», а «из-за неумения подковывать лошадей для артиллерийских повозок, чтобы они могли продвигаться по заснеженным северным просторам, пришлось бросить много пушек». Не желая раздражать французскую общественность, Наполеон понадеялся на прусский и польский провиант, однако враждебность жителей Пруссии, неприязнь поляков, непроходимые дороги и плохие урожаи нарушили его планы.
В довершение всех бед Наполеон никак не мог вступить в соприкосновение с противником, притом что его основные силы, истощенные марш-бросками и большими переходами, таяли на глазах. Все это выглядело блистательным подтверждением пророчества графа Ливена и Клаузевица. Последний, перейдя на службу к царю, уверял в русском штабе, что Бонапарт неминуемо потерпит поражение, сломленный гигантскими размерами империи, если только Россия сумеет воспользоваться своим преимуществом, а именно: до последнего момента беречь силы и ни под каким видом не заключать мира. Он советовал «эвакуировать всю страну до Смоленска и лишь там начать настоящую войну». Вскоре после завершения кампании эта версия будет подхвачена русскими, утверждавшими, что их отступление было преднамеренным. Между тем Клаузевиц в своем изложении событий кампании 1812 года убедительно показал, что генеральной штаб совершенно случайно вышел на тактику выжженной земли.
Русские генералы отступали не по заранее намеченному маршруту, а в страхе перед Наполеоном и реальностью его победы. Но могли ли русские сдать Москву, оплот православия, без боя? 18 августа Наполеон занял Смоленск. На следующий день в битве при Валутине Мюрат, Даву и Ней настигли русскую армию. По замыслу Наполеона, Жюно должен был атаковать их с тыла, но он бездействовал. Возможность решающего сражения была упущена. Несмотря на усталость войск, Наполеон возобновляет преследование: «Сама опасность толкает нас к Москве». Старику Кутузову приказано преградить путь неприятелю. Он занимает оборону у Москвы-реки, южнее Бородина. В результате ожесточенного и смертоносного сражения 7 сентября Наполеон прорывается к Москве. Позднее Толстой прославит «победу русских при Бородине». Правильнее было бы говорить об «успехе французов у Москвы-реки», поскольку 14 сентября Великая Армия все же вошла в Москву. Правда, с огромными потерями. К тому же в городе нельзя было жить, так как пожар уничтожил три четверти зданий. Александр же отказывался от переговоров.
Уже не в первый раз Наполеон сталкивался с народной войной. Сочетая патриотизм с религиозным фанатизмом, она подняла население на борьбу с завоевателями. Война, задуманная как партия в шахматы между порядочными людьми, переросла в драку, в которой дозволялись любые удары и не соблюдались никакие правила. Отрезанный огромным расстоянием от своей Империи (курьеру требовалось две недели, чтобы добраться от Москвы до Парижа), так и не дождавшись проявления доброй воли Александра, в середине октября Наполеон отдал приказ об отступлении, несмотря на то, что продовольственные запасы позволяли ему перезимовать в Москве. 19 октября армия покинула город. Хотя понесенные потери были значительны, катастрофы можно было избежать, если бы Наполеон не пошел по старой дороге. К несчастью, после сражения под Малоярославцем Кутузов вынудил его вернуться на Смоленскую дорогу и вновь пройти по земле, уже опустошенной сначала русскими, а затем французскими войсками. На беду, солдаты тащили с собой больше трофеев, чем продуктов. К голоду присоединились морозы.