Прусский план состоял в том, чтобы оккупировать Баварию силами трех армий: шестидесятитысячной, прусско-саксонской, под предводительством принца Гогенлоэ, и тридцатитысячной, во главе с Рюхелем. Однако прежде чем они успели соединиться, Наполеон разделался с каждой из них в отдельности. 14 октября в Йене он неожиданно напал на Гогенлоэ. Численное превосходство французов превратило поражение прусской армии в полный разгром. Вот официальное описание сражения, представленное в пятой сводке: «Два часа туман обволакивал обе армии, но в конце концов рассеялся под лучами ясного осеннего солнца. Обе армии увидели друг друга на расстоянии пушечного выстрела. Левым флангом французской армии, закрепившимся в районе деревни и леса, командовал маршал Ожеро. Императорская гвардия отделяла его от центра, где находился корпус маршала Ланна. На правом фланге располагался корпус маршала Сульта. Вражеская армия была многочисленна и щеголяла прекрасной кавалерией: все маневры выполнялись ею быстро и точно. Император, с учетом занятой им во время утреннего наступления позиции, хотел было помедлить пару часов, дожидаясь подхода остальных сил, прежде всего своей кавалерии, однако французская пылкость овладела им. Когда несколько батальонов заняли деревню Голхштердт, он заметил в стане неприятеля движение, имевшее целью выбить из нее французов. Маршал Ланн получил приказ немедленно двигаться эшелонами на помощь этой деревне. Маршал Сульт атаковал лес на правом фланге. Неприятель попытался наступать своим правым флангом на наш левый, однако маршалу Ожеро было поручено отбросить его. Не прошло и часа, как в сражение были вовлечены все основные силы: от двухсот пятидесяти до трехсот тысяч человек при поддержке семисот или восьмисот орудий сеяли смерть, являя собою одно из нечастых в истории зрелищ. Обе стороны непрестанно маневрировали, как на параде. В наших войсках ни на мгновение не возникло сомнения в победе… Овладев наконец лесом, который он штурмовал на протяжении двух часов, маршал Сульт ринулся вперед. Тут Наполеону сообщили, что резервные дивизии французской кавалерии занимают исходные позиции, а две свежие дивизии из корпуса маршала Нея развертываются следом на поле сражения. Было решено ввести в бой все резервные части. Первый атакующий эшелон, почувствовав мощную поддержку, мгновенно опрокинул неприятеля, вынудив его к отступлению. В течение первого часа отступление велось организованно, но перешло в беспорядочное бегство, когда в деле смогли принять участие дивизии наших драгун и кирасиров, предводительствуемые эрцгерцогом Бергом». В трех лье севернее, близ Ауэрштедта, главные силы герцога Брауншвейгского столкнулись с авангардом наполеоновской армии под командованием Даву, в подчинении которого находились три талантливых полководца: Фриан, Гюден и Моран. Даву сдержал натиск и опрокинул герцога Брауншвейгского, павшего в этом сражении от смертельной раны. Разбегавшиеся остатки двух прусских армий слились в один поток, вызывавший при своем движении всеобщую панику. Если бы Даву дрогнул, исход сражения мог бы быть иным. Нетрудно заметить, что официальная версия битвы при Ауэрштедте по меньшей мере немногословна. Ни словом не упоминается в ней и о Бернадоте, который, оказавшись между двумя схватками, так и не принял участия в сражении. За несколько часов прусская армия потеряла двадцать семь тысяч убитыми и ранеными, двадцать тысяч пленными, всю артиллерию. Крепости сдавались без сопротивления, за исключением Кольберга, Данцига и Грауденца. 27 октября, когда Наполеон вступал в Берлин, Фридрих-Вильгельм уже искал защиты у русского царя.
Наполеон не мешкая приступил к решению участи побежденной Германии. Он отдал приказ об оккупации всех прусских земель от Рейна до Эльбы, принадлежавших герцогу Брауншвейгскому, принцу Оранскому и курфюрсту Гессен-Кассельскому. Пруссии предстояло выплатить огромную контрибуцию в размере ста пятидесяти девяти миллионов четырехсот двадцати пяти тысяч франков. Декретом от 3 ноября 1806 года ее владения были поделены на четыре департамента со столицами в Берлине, Кюстрине, Штеттине и Магдебурге; генерал-губернатором был назначен Кларк со своими помощниками: главным интендантом Дарю, главным казначеем Эстевом и главным откупщиком Jla Буйери. Зато Бонапарт помиловал Саксонию, освободив на следующий день после Йенского сражения шесть тысяч солдат и триста офицеров, а затем возвел курфюрста Саксонского в ранг короля, включив Саксонию в состав Рейнского союза вместе с пятью герцогами: саксон-веймарским, готским, мейнингским, гильдбурхаузенским и кобурским. Численный состав саксонской армии был ограничен двадцатью тысячами. Таким образом вся Северная Германия оказалась в сфере влияния Франции.