Оставалась Россия. Наполеон усилил свою армию (15 декабря сенатус-консульт утвердил решение о призыве восьмидесяти тысяч новобранцев, из которых шестьдесят тысяч должны были быть в кратчайшие сроки обуты, одеты и экипированы в трех центрах: Булони, Майнце и Потсдаме), а затем двинулся навстречу русским в Восточную Пруссию. Однако ожидавший его там театр военных действий не соответствовал ни его гению, ни условиям, в которых привыкла маневрировать и воевать Великая Армия. К тому же русские все сжигали при отступлении, что создавало дополнительные трудности с продовольствием. Напротив, русская армия, многочисленная и упорная, действовала в привычных для нее географических и климатических условиях. Вместо планируемого блицкрига французы вязли в грязи, испытывали трудности со снабжением, страдали от холода и сырости, а в тылах подвергались беспорядочным атакам прусских партизан. 6 февраля Наполеон писал Дарю: «Знайте, что ничего из посланного вами не пришло по назначению, потому что армия все время на марше. Между тем, если бы провиант шел обозом вместе с армией, она не была бы голодна».
Встреча двух армий произошла 8 февраля 1807 года. При Эйлау, в слепящей метели. Сражение с неясным исходом. Наполеон думал, что застиг русских врасплох, тогда как его самого застигли врасплох превосходящие силы противника: против пятидесяти тысяч французов Беннигсен двинул семьдесят тысяч русских. Заблудившийся в метели корпус Ожеро был истреблен. Контратака русских едва не прорвала центр боевого порядка французских войск. Наполеон смог выправить положение, лишь бросив в прорыв собранную в кулак кавалерию: восемьдесят эскадронов Мюрата. Надвигалась ночь, русские стояли насмерть, когда подошедший Ней ударил по их правому флангу и вынудил отойти. На снегу осталось двадцать пять тысяч русских и около восемнадцати тысяч французов. В связи с этим сражением вспоминают обычно знаменитую картину Антуана Гро. Об изнанке этого события мы имеем представление благодаря хирургу Великой Армии Перси: «Никогда прежде такое множество трупов не усеивало столь малое пространство. Все было залито кровью. Выпавший и продолжавший падать снег скрывал мало-помалу тела от удрученного взгляда людей. Особенно много трупов было у ельника, за которым сражались русские солдаты. В поле и на дороге валялись тысячи ружей, шапок и кирас. Склон холма, несомненно, служивший неприятелю прикрытием, был усеян сотней окровавленных тел; искалеченные, но еще живые лошади ждали, когда голод повалит их на груды мертвецов. Перейдя через одно поле, мы тут же оказались на другом, также усеянном трупами». Кошмарное зрелище, которое 64-й бюллетень не в силах обойти молчанием: «После сражения при Эйлау император целыми днями пропадал на этом страшном поле брани, смотреть на которое он считал своим долгом. Понадобилось много труда, чтобы предать земле всех погибших». Находясь в состоянии нервного истощения, Наполеон прекращает военные действия и останавливается в замке Фин-кенштейн, где разрабатывает план новой кампании против русского царя: Себастиани в Константинополе, Мармону в Далмации, Гарданну, направленному к персидскому шаху в Тегеран, приказано отвлечь часть русских войск на восток. В мае 1807 года в результате осады, проводимой под руководством Лефевра и таких блестящих офицеров артиллерии и инженерных войск, как Ларибузьер и Шасслу-Лоба, пал Данциг, открыв дорогу на Польщу. Наполеон наращивает численность своей армии. Однако быт по-прежнему невыносим: транспортировка грузов затруднена нехваткой лошадей и малым количеством рек. Отсюда неразрешимая проблема со снабжением, порождающая рост дезертирства и грабежи.