Александр I, как и все члены правительства, был до крайности возмущен, но не столько самим решением Кутузова, сколько тем, что тот принял его самостоятельно. Было созвано специальное заседание Комитета министров, на котором высказано общее мнение: «Комитет полагает предписывать главнокомандующему армиями, дабы, во-первых, доставил сюда он протокол того совета, в коем положено было оставить Москву неприятелю без всякой защиты, и, во-вторых, чтобы на будущее время всегда присыпал он полные о всех мерах и действиях своих сведения». Теперь Александр I сильно обеспокоился судьбой Петербурга. Он с раздражением написал Кутузову: «…вы имеете все средства отвратить сие новое несчастие, вспомните, что вы обязаны ответом оскорбленному отечеству в потере Москвы». Для Наполеона же Москва оставалась заветной целью. Именно там он мечтал заставить русских подписать выгодный ему мир. Кстати, мысль о мире со взятием Москвы овладела во французской армии всеми – от рядовых солдат до маршалов. Вообще в истории русской кампании Наполеона оставление русскими войсками Москвы воспринималось французами как свидетельство их победы, а россиянами – как историческая трагедия. А в правящих кругах и в самой императорской семье это событие вызвало шок. Вот что писала 15 сентября Александру I его сестра, великая княгиня Екатерина Павловна: «Москва взята. Это необъяснимо. Не забывайте Вашего решения: никакого мира, и тогда у Вас остается надежда восстановить Вашу честь…»
В три часа пополуночи 13 сентября 1812 года русская армия снялась с лагеря в Филях и начала свое отступление через Москву. Она отходила по Рязанской дороге. Следом за ней шла армия Наполеона. После того как она вышла к Дорогомиловской заставе, под стенами столицы послышалась перестрелка передовой французской цепи с казаками и уланами русского арьергарда, начальник которого, «крылатый» Милорадович, решил облегчить отступление последних русских отрядов и обозов
с жителями. Он объявил Мюрату, что если французы не приостановятся на время, то их встретит бой на штыках и ножах на каждой московской улице и в каждом доме. Мюрат согласился на перемирие до ночи, замедлил преследование русских, и перестрелка стихла. Последнюю русскую бригаду генерала Сикорского французы задержали на мосту при переправе через Яузу, но после непродолжительных переговоров начальник французских аванпостов генерал Себастьян открыл дорогу.
Печальную картину представляла собой древняя столица государства Российского, покидаемая армией и горожанами. Вот как описывал ее в своем романе «Сожженная Москва» Г. П. Данилевский: «Из опустелых переулков доносились дикие крики пьяной черни, разбивавшей брошенные лавки с красными и бакалейными товарами и кабаки. Испуганные, не успевшие уйти горожане прятались в подвалы и погреба, либо, выходя из ворот с иконами, кланялись, спрашивая встречных, наши ли победили или мы отступаем. Целые ряды домов по бульварам и вдоль болотистой речки Неглинной, у Кремля, стояли мрачно-безмолвные, с заколоченными ставнями и дверями». Когда фельдмаршал Кутузов въехал верхом в столицу, он сказал жителям, стоявшим у заставы: «Головой ручаюсь, что неприятель погибнет в Москве». Его слова стали пророческими.
Несмотря на то что эвакуация из города началась еще до принятия Кутузовым решения об отступлении, Растопчин не сумел вывезти из него многие ценности: золото и серебро в слитках с Монетного двора, святыни древнего Кремля и огромный оружейный арсенал из 75 тысяч ружей и 150 пушек, которые достались французам. Но самое интересное состоит в том, что по распоряжению генерал-губернатора был вывезен весь городской пожарный инвентарь. Для этого груза нашлись и лошади, и повозки. Что это: случайность или чей-то умысел?
Не оказалось транспортных средств и для эвакуации раненых солдат. В результате в опустошенной столице осталось до 22 тысяч человек, раненных при Бородино. Кутузов неоднократно молил градоначальника о выделении повозок, но тщетно – транспорта не было либо он прибывал слишком поздно. На самом Бородинском поле остались лежать тысячи искалеченных солдат, а при отступлении к Можайску их было около 10 тысяч. Жуткий факт приводит в своих воспоминаниях французский врач Де ла Флиз: в поле, примыкавшем к городским садам Можайска, возвышалась пирамида трупов – до 800 тел, – собранная по распоряжению коменданта города для сожжения. «Тут были русские и французы», – пишет он.